%screen的代码是什么?
从目前的情况看，应该是不够完善导致上一行命令与下一行命令之间相互影响
我的推测是，宏变量的命名空间产生了重叠。

不会出现这种情况的。请仔细验证一下，可能你的程序有随机处理的步骤，导致每次都不同而已。

%macro screen(input1,input2,input3,input4,output1,output2,output3,output4);

data &output1 REPLACE;
set &input1;

                ipnum=1;
                chemo=0;
                radi=0;
                HGF=0;
                ems=0;
                surgb1=0;
                surgb2=0;
                surgc1=0;
                surgc2=0;
               
                        dx_date1=LEFT(SRVC_BGN_DT);
                        dtdx=SUBSTR(dx_date1, 7, 2); modx=SUBSTR(dx_date1, 5, 2); yrdx=SUBSTR(dx_date1, 1, 4);
                        cldt=MDY(modx, dtdx, yrdx);



        /*revenue*/
                        IF UB_92_REV_CD_GP_1 in (0331, 0332, 0335) THEN chemo=1;
                        IF UB_92_REV_CD_GP_1 in (0330, 0333) THEN radi=1;
                        IF UB_92_REV_CD_GP_1 in (0450, 0451, 0452, 0456, 0459, 0981) THEN ems=1;


        /*icd-9*/
                ARRAY dgncdclms(9) DIAG_CD_1-DIAG_CD_9;
                                 do i=1 to 9;
                                         if dgncdclms(i) in ('V581' 'V662' 'V672') THEN chemo=1;
                                 end;
                                 drop i;

        *CPT code;
                                ARRAY prcdr(6) PRCDR_CD_1-PRCDR_CD_6;
                                do j=1 to 6;
                                        if prcdr(j) in ('J8510' 'J8520' 'J8521' 'Q0083' 'Q0084' 'Q0085' 'C9214' 'S0116' 'C9257' 'C9125' 'C9235')
                                                                OR prxmatch('/J[8][5][3-9]\d/', prcdr(j))
                                                                OR prxmatch('/J[8][6-9]\d\d/', prcdr(j))
                                                                OR prxmatch('/J[9]\d\d\d/', prcdr(j))
                                                                OR prcdr(j) in ( 96400:96549 ) then chemo=1;

                                        if prcdr(j) in ( 77401:77499, 77750:77799, 77261:77399) then radi=1;
                                        IF prcdr(j) in ('J1440' 'J1441' 'J2505' 'J2820' 'J0880' 'J0881' 'J0885' 'Q0136' 'Q0137') THEN HGF=1;
                                        IF prcdr(j) in (19120, 19160, 19162) THEN surgb1=1;
                                        IF prcdr(j) in (19240, 19220, 19180) THEN surgb2=1;
                                        IF prcdr(j) in (44140:44160) THEN surgc1=1;
                                        IF prcdr(j) in ( 45110:45121) THEN surgc2=1;
                                end;
                                 drop j;
                KEEP BENE_ID chemo radi HGF ems surgb1 surgb2 surgc1 surgc2 cldt ipnum;
                       
run;

PROC SORT DATA=&output1;
        BY BENE_ID;
        RUN;

DATA &output1;
        MERGE &output1(IN=k) &input4;
                BY BENE_ID;
                IF k;
                RUN;

DATA &output1;
        SET &output1;
                pryrdif=YRDIF(cldt, dod, 'ACTUAL');
                IF 0<pryrdif<0.5;
                DROP k;
                RUN;


data &output2 REPLACE;
set &input2;

                chemo=0;
                radi=0;
                HGF=0;
                ems=0;
                surgb1=0;
                surgb2=0;
                surgc1=0;
                surgc2=0;

                        dx_date1=LEFT(SRVC_BGN_DT);
                        dtdx=SUBSTR(dx_date1, 7, 2); modx=SUBSTR(dx_date1, 5, 2); yrdx=SUBSTR(dx_date1, 1, 4);
                        cldt=MDY(modx, dtdx, yrdx);

                                        if PRCDR_CD in ('J8510' 'J8520' 'J8521' 'Q0083' 'Q0084' 'Q0085' 'C9214' 'S0116' 'C9257' 'C9125' 'C9235')
                                                                OR prxmatch('/J[8][5][3-9]\d/', PRCDR_CD)
                                                                OR prxmatch('/J[8][6-9]\d\d/', PRCDR_CD)
                                                                OR prxmatch('/J[9]\d\d\d/', PRCDR_CD)
                                                                OR PRCDR_CD in ( 96400:96549 ) then chemo=1;

                                        if PRCDR_CD in ( 77401:77499, 77750:77799, 77261:77399) then radi=1;
                                        IF PRCDR_CD in ('J1440' 'J1441' 'J2505' 'J2820' 'J0880' 'J0881' 'J0885' 'Q0136' 'Q0137') THEN HGF=1;
                                        IF PRCDR_CD in (19120, 19160, 19162) THEN surgb1=1;
                                        IF PRCDR_CD in (19240, 19220, 19180) THEN surgb2=1;
                                        IF PRCDR_CD in (44140:44160) THEN surgc1=1;
                                        IF PRCDR_CD in ( 45110:45121) THEN surgc2=1;

                KEEP BENE_ID chemo radi HGF ems surgb1 surgb2 surgc1 surgc2 cldt;

run;


PROC SORT DATA=&output2;
        BY BENE_ID;
        RUN;

DATA &output2;
        MERGE &output2(IN=k) &input4;
                BY BENE_ID;
                IF k;
                RUN;

DATA &output2;
        SET &output2;
                pryrdif=YRDIF(cldt, dod, 'ACTUAL');
                IF 0<pryrdif<0.5;
                drop k;
                RUN;


DATA &output3 REPLACE;
        SET &input3;

                        dx_date1=LEFT(SRVC_BGN_DT);
                        dtdx=SUBSTR(dx_date1, 7, 2); modx=SUBSTR(dx_date1, 5, 2); yrdx=SUBSTR(dx_date1, 1, 4);
                        cldt=MDY(modx, dtdx, yrdx);

                ARRAY dgncdclms(5) DIAG_CD_1-DIAG_CD_5;
                                 do i=1 to 5;
                                         if dgncdclms(i) in ('V581' 'V662' 'V672') THEN chemo=1;
                                 end;
                                 drop i;

                KEEP BENE_ID chemo radi HGF ems surgb1 surgb2 surgc1 surgc2 cldt;

RUN;


PROC SORT DATA=&output3;
        BY BENE_ID;
        RUN;

DATA &output3;
        MERGE &output3(IN=k) &input4;
                BY BENE_ID;
                IF k;
                RUN;

DATA &output3;
        SET &output3;
                pryrdif=YRDIF(cldt, dod, 'ACTUAL');
                IF 0<pryrdif<0.5;
                DROP k;
                RUN;

data &output4 REPLACE;
        SET &output3 &output1 &output2;
        keep BENE_ID chemo radi HGF ems surgb1 surgb2 surgc1 surgc2 cldt ipnum;
run;

%mend screen;

抱歉，screen的代码贴在上面了，有点长。。

程序好长，看着没什么问题。
能具体描述一下，分别运行时和同时运行时有哪些差别吗。
另外，在找到差别后，可以在宏程序中用%put显示中间数据，看看是哪里的调用出现了问题。