可能是你的数据框中包含了factor数据类型。

输出数据框每1列的类型看看。

> a
         time      code           amt
1  2014-01-30 000001.SZ 10088200600.4
2  2014-02-28 000001.SZ 12739154513.8
> p
         time      code   pct_chg
1  2014-01-30 000001.SZ -6.938776
2  2014-02-28 000001.SZ -2.368421
> d<-merge(a, p, by=c("time","code"),all=TRUE)
Warning messages:
1: In `[<-.factor`(`*tmp*`, ri, value = c(16100, 16129, 16160, 16190,  :
  因子层次有错，产生了NA
2: In `[<-.factor`(`*tmp*`, ri, value = c(16100, 16129, 16160, 16190,  :
  因子层次有错，产生了NA
要合并这两个数据框，应该怎么办

你看一下你的time或者code里有没有NA的值。

没有的，我用的是十个这样的少量数据，然后它们都是有值的。。。。还会是什么原因的，?
上网搜，一直弄不懂stringasfactor是什么东西?

楼主你可以上传一部分数据么？
有数据的话，找原因会更方便一些。