楼主我不太懂，稍微说下我的看法。
我觉得你们老师说得有道理，1、题目太大太宽泛，很难突出重点 2、只谈汇率对股市的影响有失偏颇
我对这方面的文献看得不多，但是从我初级计量的知识来看，结合你文中提到的R-square，你应该是做得简单回归吧。那么:
假设你使用的是经过调整的”合理“的月度数据
1.你有没有做单位根和协整、模型设定等一系列检验，我感觉你没有
2.遗漏重要解释变量的问题怎么办？
正如老师所说，你很难控制许多特别是政策因素等一些对汇率、股市都有关系的影响因素，你把它们扔到扰动项里，这时候还能满足严格外生或者同期不相关的假定吗？从文中我也没看出你使用IV的迹象。
3.分成三个时间段只是你个人的感觉，究竟是否合理有待商榷。实际上有一种叫做门限回归的东西，你可以查一下看看。
4.你选的这个题目，很多人都做过啊，我感觉特别是用VAR做的人应该很多，你的创新点在哪里呢？只是单纯的分段考察，我觉得还不够，而且分阶段考察不知道又没人做过。
5.你最后得出40%的结论，如果是你现在回归得到的，你觉得这个值可信吗？说实话，我并不认为汇率对中国股市有如此大的影响，实际上前段时间股市大涨大跌的现象，你觉得你从汇率可以说通吗，做回归的话效果如何。如果是你猜测的，那你赶紧做一下看看，如果R-square很小，那你这个题目意义更不大了。
老实说，我感觉单纯做个回归再做些分析，除非你这个选题思路特别好，不然文章想发表的话很难，而且就一个硕士的知识积累来看，也很难写得很深入。
有些啰嗦，而且只是个人的一些看法，海涵。

支持一下！！！

其实我觉得老师说的还是比较中肯的。这肯定是一个很热的选题，这一点是值得肯定的。让我们用比较实际的语言（比较尖刻的）去解读一下。1.上海证券交易所挂牌股票1029家，深圳证券交易所挂牌股票1762家，如果使用全部数据库进行实证检验，可能你的知识储备以及数据积累不够。2.行业周期、宏观调控政策等均会对股市产生影响，这个时候如果进行区分，数据量计算量是巨大的。                                                                 
经济研究和金融研究在这个领域似乎没多少文章，可能你还需要多读读英文文献。

谢谢你能读完我的帖子并作出评价。其实我自身也知道这个选题难度较大。你说的第一点，用上证和深圳的数据库计算量很大这点，我用的一个指标是美元兑人民币，股市的指标就是上证综指，而非用单独的公司进行分析，因此计算量的话可能没有那么大（也可能是我理解错了你的意思了）；另一点你说的其实我是这么想的：说白了我这篇文章就是一个A对B的影响研究，只是涉及到的指标都是宏观指标，所以可能觉得选题较大，其次，老师们说“其他因素都会影响股市，只说汇率意义不大”，对此假设说我做出来的模型R2比较大，40%，那也就是说汇率在40%的程度上能解释股市的变动，这样汇率就是股市的一个重要影响因素，为何不行呢？
当然以上我说的可能是因为我的功底不够，因此说的比较粗糙和异想天开，希望能够得到你的指点！我会十分感谢的！

想法蛮好的。我导师跟我说过，就是股票和就业的数据， 因为不好用，叫我不要用。不过也有文章用VAR做汇率对股市价格指数的影响，也能通过。第2条写汇率对出口某个行业的文章，题目好像是要小些。具体跟你导师再交流下，看下导师的意见。