要看是什么具体原因造成矩阵非正定。

1、可能数据输入有误，出现极端数据。解决方法是检查数据。

2、问卷设计不合理，变量关系混乱。解决方法是重新设计问卷，合并问题。

3、问卷数据质量太差，被调查人回答问题太随意，极端值多。解决方法，检查问卷，删除不合格问卷。

4、数据变量间高度线性相关。解决方法是检查数据，删除高度相关问卷。

5、程序估计初始值不合理。解决方法是自行输入初始值。

非正定??

要看是原始输入的协方差矩阵非正定还是生产矩阵非正定。

楼上的解释较全面，此外，如果缺失值没有处理好或者没有处理则极易造成非正定问题。