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959 0
2016-08-29
求助各位论坛的前辈:
     我使用SNPassoc(https://cran.r-project.org/web/packages/SNPassoc/)这个包,希望写一个for循环,对多个变量做association分析。我的数据如下:

sampletype        sample        rs1799864        rs1143627


case        1        GG        AG


case        2        GG        GG


case        3        GG        AA


case        4        GG        AG


case        5        AG        AG


case        6        AG        AA


control        7        GG        AA


control        8        GG        GG


control        9        GG        AG


control        10        GG        AG


control        11        AA        GG


control        12        AG        GG


control        13        AG        GG


     我的代码如下:
df<-read.table(file="test.txt",header=T)
var_list<-c("rs1799864","rs1143627")
for (i in 1:length(var_list)) {
  association(sampletype~snp(var_list,sep=""),data=df)
}

    但总是报错:
Error in model.frame.default(formula = sampletype ~ snp(var_list, sep = ""),  : 变数的长度不一样('snp(var_list, sep = "")')


     而我直接使用代码association(sampletype~snp(rs1799864,sep=""),data=df)是可以执行成功的。
     我发现原因是这个包中的association这个函数要求,association(sampletype~snp(rs1799864,sep=""),data=df)中的rs1799864上不能有引号。如果此处加上引号,仍会产生问题。请问各位前辈,有什么办法解决该问题?


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