求助各位论坛的前辈:
我使用SNPassoc(
https://cran.r-project.org/web/packages/SNPassoc/)这个包,希望写一个for循环,对多个变量做association分析。我的数据如下:
sampletype sample rs1799864 rs1143627
case 1 GG AG
case 2 GG GG
case 3 GG AA
case 4 GG AG
case 5 AG AG
case 6 AG AA
control 7 GG AA
control 8 GG GG
control 9 GG AG
control 10 GG AG
control 11 AA GG
control 12 AG GG
control 13 AG GG
我的代码如下:
df<-read.table(file="test.txt",header=T)
var_list<-c("rs1799864","rs1143627")
for (i in 1:length(var_list)) {
association(sampletype~snp(var_list
,sep=""),data=df)
}
但总是报错:
Error in model.frame.default(formula = sampletype ~ snp(var_list, sep = ""), : 变数的长度不一样('snp(var_list, sep = "")')
而我直接使用代码association(sampletype~snp(rs1799864,sep=""),data=df)是可以执行成功的。
我发现原因是这个包中的association这个函数要求,association(sampletype~snp(rs1799864,sep=""),data=df)中的rs1799864上不能有引号。如果此处加上引号,仍会产生问题。请问各位前辈,有什么办法解决该问题?