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[丢掉HLM软件]基于R的多层模型分析教程贴
bfzldh
2017-1-26 14:56:18

12.将参数估计的算法改为ML

12.将参数估计的算法改为ML

#在nlme程序包lme函数中，需要声明method="ML"
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#在lme4程序包lmer函数中，需要声明REML =FALSE
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#使用summary得到模型估计结果，使用intervals得到随机效应的置信区间
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#对于lmer函数，只有当算法改为ML之后，summary才会报告模型拟合结果
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#对于lmer函数，可使用confint函数得到随机效应的置信区间
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bfzldh
2017-1-26 16:34:00

13.当lmer函数使用REML算法时，如何得到拟合指数。

13.当lmer函数使用REML算法时，如何得到拟合指数。

#当lmer函数使用REML算法时，其输出结果中没有直接报告模型拟合信息。

#但是，我们可以通过专门的函数来提取这些信息。

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#基于REML的离差

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#AIC
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#log likelihood，基于REML的离差
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worshipwe
2017-1-26 20:52:35
的确是好东西
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worshipwe
2017-2-9 19:43:38
中规中矩的，不过有费心了
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shunge
2017-3-11 16:03:55
请问这个语句是什么意思     lmer(responce ~ factor1*factor2 + (factor1*factor2 | group1) + (factor1*factor2| group2), data)
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bfzldh
2017-3-11 19:32:37
shunge 发表于 2017-3-11 16:03
请问这个语句是什么意思     lmer(responce ~ factor1*factor2 + (factor1*factor2 | group1) + (factor1*f ...
没遇到过，你再仔细研究一下吧
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Ali森
2017-4-26 15:01:56
太好了
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青龙湾
2017-6-15 08:47:57
很感谢分享。但是附件data不全，有的书上例子里的data这个附件里面没有，不知道谁有完整的data，求助吧。
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bfzldh
2017-6-15 09:41:25
青龙湾 发表于 2017-6-15 08:47
很感谢分享。但是附件data不全，有的书上例子里的data这个附件里面没有，不知道谁有完整的data，求助吧。
这个数据应该是最全的了
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唯爱你l
2017-6-15 17:37:19
bfzldh 发表于 2017-1-15 20:19
7.使用lme4程序包lmer函数拟合随机截距模型
#lme4函数界定模型的语句更简洁，对复杂模型的界定方法也更灵活 ...
你好，这样的结果怎么解读啊？有没有相关的结果解读信息，详细的？
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bfzldh
2017-6-16 11:26:51
唯爱你l 发表于 2017-6-15 17:37
你好，这样的结果怎么解读啊？有没有相关的结果解读信息，详细的？
可以参考原著
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唯爱你l
2017-6-16 11:39:48
您推荐的那本英文书吗？上面有详细解读，是吗？
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唯爱你l
2017-6-16 11:40:13
bfzldh 发表于 2017-6-16 11:26
可以参考原著
您推荐的那本英文书吗？上面有详细解读，是吗？
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bfzldh
2017-6-16 13:38:48
唯爱你l 发表于 2017-6-16 11:39
您推荐的那本英文书吗？上面有详细解读，是吗？
是的。
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tigerlab
2017-7-21 21:20:40
作者您好，学习了好多，谢谢，非常好的资料。
补充一个，今天刚学的，调用random effects的时候，intervals()只有在nlem中管用，在lme4中可以用rand().

我还有个问题想问作者，如果想做一个三重交互的简单效应分解，想要检验简单效应系数是否显著，作者能做吗？我的三重交互两个level 1 中的自变量，一个level2中的moderator,写出来应该是x1*x2*w.
非常感谢
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bfzldh
2017-7-22 08:34:43
tigerlab 发表于 2017-7-21 21:20
作者您好，学习了好多，谢谢，非常好的资料。
补充一个，今天刚学的，调用random effects的时候，interval ...
没有做过，我觉得可以借鉴aiken&west(1991)选点法的思路来做。温忠麟老师有一篇调节效应检验的文章提到了多层模型简单斜率的分析，可以参考一下。
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kaka232513
2017-7-23 14:36:36
bfzldh 发表于 2017-1-15 23:05
11.在lme4中将多个随机效应设定为相关的或相互独立的
#在lme4中，我们可以界定多个自变量的随机斜率之间之 ...
试了几次summary（model3.11）结果都没有显著性检验，而且结果和楼主的结果不太一样，school（非school.1）intercept 和cgecocab的“Corr”不是1，而是0.53，和model3.10的相关系数一样。
Error in calculation of the Satterthwaite's approximation. The output of lme4 package is returned
summary from lme4 is returned
some computational error has occurred in lmerTest

希望楼主能够解答这是怎么回事，我应该如何调试？谢谢楼主！
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kaka232513
2017-7-23 14:56:11
tigerlab 发表于 2017-7-21 21:20
作者您好，学习了好多，谢谢，非常好的资料。
补充一个，今天刚学的，调用random effects的时候，interval ...
rand（）函数很实用，谢谢层主了
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tigerlab
2017-7-24 15:11:22
bfzldh 发表于 2017-7-22 08:34
没有做过，我觉得可以借鉴aiken&west(1991)选点法的思路来做。温忠麟老师有一篇调节效应检验的文章提到了 ...
谢谢，我再去查一些资料。
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tigerlab
2017-7-24 15:31:06
bfzldh 发表于 2017-7-22 08:34
没有做过，我觉得可以借鉴aiken&west(1991)选点法的思路来做。温忠麟老师有一篇调节效应检验的文章提到了 ...
楼主，再问一个问题哈，当随即项变多的时候，模型会出现收敛的问题，相同的模型在MPlus中，也会出现模型不收敛的问题，但是用HLM软件来跑的话，不会出现任何的warning，这个时候还能信任HLM软件吗？另外，虽然R会出现不收敛的情况，但是依然能报结果，这时候R的结果能相信吗？
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tigerlab
2017-7-24 15:33:04
bfzldh 发表于 2017-7-22 08:34
没有做过，我觉得可以借鉴aiken&west(1991)选点法的思路来做。温忠麟老师有一篇调节效应检验的文章提到了 ...
我查了这个warning，大家貌似也有遇到这个问题，但是大家没有说结果可信不可信的问题。
下面我跑模型时出现的waring:
Warning messages:
1: In optwrap(optimizer, devfun, getStart(start, rho$lower, rho$pp),  :
  convergence code 1 from bobyqa: bobyqa -- maximum number of function evaluations exceeded
2: In checkConv(attr(opt, "derivs"), opt$par, ctrl = control$checkConv,  :
  unable to evaluate scaled gradient
3: In checkConv(attr(opt, "derivs"), opt$par, ctrl = control$checkConv,  :
  Model failed to converge: degenerate  Hessian with 2 negative eigenvalues
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tigerlab
2017-7-24 15:33:06
bfzldh 发表于 2017-7-22 08:34
没有做过，我觉得可以借鉴aiken&west(1991)选点法的思路来做。温忠麟老师有一篇调节效应检验的文章提到了 ...
我查了这个warning，大家貌似也有遇到这个问题，但是大家没有说结果可信不可信的问题。
下面我跑模型时出现的waring:
Warning messages:
1: In optwrap(optimizer, devfun, getStart(start, rho$lower, rho$pp),  :
  convergence code 1 from bobyqa: bobyqa -- maximum number of function evaluations exceeded
2: In checkConv(attr(opt, "derivs"), opt$par, ctrl = control$checkConv,  :
  unable to evaluate scaled gradient
3: In checkConv(attr(opt, "derivs"), opt$par, ctrl = control$checkConv,  :
  Model failed to converge: degenerate  Hessian with 2 negative eigenvalues
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bfzldh
2017-7-25 08:31:27
kaka232513 发表于 2017-7-23 14:36
试了几次summary（model3.11）结果都没有显著性检验，而且结果和楼主的结果不太一样，school（非school.1 ...
相关程序包更新也很快，在我发帖之后更新了两三次，所以其output可能有变化，现在我没时间调试，你多查查。
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bfzldh
2017-7-25 08:33:06
tigerlab 发表于 2017-7-24 15:31
楼主，再问一个问题哈，当随即项变多的时候，模型会出现收敛的问题，相同的模型在MPlus中，也会出现模型不 ...
我个人觉得，这要看warning的内容，有些warning可以忽略，有些不可以。还是得搞清楚warning的原因最好。Mplus里面收敛有问题，可能是因为相应的随机效应不存在，可以考虑固定为0。
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loveplanning
2017-10-9 10:30:55
真的很不错
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麦乐迪小姐
2017-10-31 16:31:27
求问楼主，加控制变量的话是直接在后面加就可以吗？软件可以自己区分层1和层2的变量吗？
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bfzldh
2017-11-1 15:25:08
麦乐迪小姐 发表于 2017-10-31 16:31
求问楼主，加控制变量的话是直接在后面加就可以吗？软件可以自己区分层1和层2的变量吗？
直接加，可以自己去分的
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麦乐迪小姐
2017-11-6 21:39:34
求问楼主，为什么我有24个组，但summary的结果里第二层的df只有19呢？
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bfzldh
2017-11-7 08:56:52
麦乐迪小姐 发表于 2017-11-6 21:39
求问楼主，为什么我有24个组，但summary的结果里第二层的df只有19呢？
自由度肯定不等于cluster的数量，自由度与第二层的组数和参数的数量有关，你可以看看书找一找df的公式，或者通过描述性统计看看数据读取有没有问题。
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zixan
2017-11-22 16:50:42
学习学习，但是分值不够啊
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