# R in Action: Chapter 1


install.packages("vcd")     #安装包
library(vcd)                      #调用包
source("filename")           #执行一个脚本

# R in Action: Chapter 2  

cells <- c(1, 26, 24, 68)
rnames <- c("R1", "R2")
cnames <- c("C1", "C2")
mymatrix <- matrix(cells, nrow = 2, ncol = 2, byrow = TRUE, dimnames = list(rnames, cnames))
mymatrix <- matrix(cells, nrow = 2, ncol = 2, byrow = FALSE, dimnames = list(rnames, cnames))

attach( )
detach( )
summary( )       #显示对象的统计概要
if(FALSE){……}   #将FALSE改为TRUE即允许这块代码执行


read.table( )导入数据。默认情况下，字符型变量将转换为因子。设置选项stringsAsFactors=FALSE，这将停止对所有字符型变量的此种转换。

write.table( )导出数据。

length(object)  #显示对象中元素/成分的数量

dim(object)      #显示某个对象的维度

str(object)       #显示某个对象的结构

class(object)    #显示某个对象的类或类型

mode(object)   #显示某个对象的模式

names(object)  #显示某对象中各成分的名称

c(object, object,…)    #将对象合并入一个向量

cbind(object, object, …)    #按列合并对象

rbind(object, object, …)    #按行合并对象

Object                             #输出某个对象

head(object)                    #列出某个对象的开始部分

tail(object)                       #列出某个对象的最后部分

ls()                                   #显示当前的对象列表

rm(object, object, …)        #删除一个或更多个对象。
rm(list = ls())                    #将删除当前工作环境中的几乎所有对象*

newobject <- edit(object)   #编辑对象并另存为newobject

fix(object)                           #直接编辑对象

names(patientdata)[2]<-"age"  #变量标签
patientdata$gender<-factor(patientdata$gender,levels=c(1,2),labels=c(''male',"female")   #值标签

# R in Action: Chapter 3


pdf( )
dev.off( )
par(lty = 2, pch = 17)  #修改图形参数
opar <- par(no.readonly = TRUE); par(opar)     
par(ann = FALSE)     #移除默认标题和标签
pch   #绘制点使用的符号
cex    #指定符号的大小。cex.axis     cex.lab     cex.main     cex.sub
font   #字体。font.axis     font.lab     font.main     font.sub     ps     family
lty     #线条类型
lwd   #指定线条宽度
col    #边界颜色。col.axis     col.lab     col.main     col.sub     fg     bg
fill     #填充色
pin     mai     mar     #下、左、上、右
par(pin=c(  4 , 3 ),mar=c(1 , 0.5 , 1 , 0.5 ))     #4英寸宽，3英寸高，上下边界1英寸，左右边界0.5英寸
type="b"     #表示同时绘制点和线
xlim     ylim     xlab     ylab     title     main     sub     
axis( side, at = , labels = , pos = , lty = , col = , las = , tck = ,……)   
#pos与另一条坐标轴相交的位置，las标签是否平行于（= 0）或垂直于（= 2）坐标轴；tck刻度线的长度-0.01
axes = FALSE     #禁用全部坐标轴
xaxt =“n”和 yaxt =“n”分别禁用x轴和y轴（会留下框架线，只除去刻度线）
legend("topleft", inset = 0.05, title = "Drug Type", c("A", "B"), lty = c(1, 2), pch = c(15, 17), col = c("red","blue"))
abline( h = , v = )     #参考线
text( )     mtext( )
par(mfrow = c(2, 2))     #图形的组合
layout(matrix(c(1, 1, 2, 3), 2, 2, byrow = TRUE))
boxplot(mtcars$wt, horizontal = TRUE, axes = FALSE)
par(fig = c(0.65, 1, 0, 0.8), new = TRUE)   
#fig=的取值是一个形如c( x1 , x2 , y1 , y2 )的数值向量，默认会新建一幅图，添加到现有图上时需要new = TRUE