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2016-12-07
各位老师,请教个问题:
使用dbstats包中的dblm函数做基于距离的线性模型,spe为物种数据,env为环境因子数据,代码如下:
library(vegan)
library(dbstats)
> spe=read.csv("spe.csv",row.names=1)
> env=read.csv("env.csv",row.names=1)
> spe=log1p(spe)
> env=decostand(env,"standardize")
> spe.dist=vegdist(spe,"bray")
> spe.dblm=dblm(spe.dist~env,data=env)

报错:Error in model.frame.default(formula = formula, data = data, drop.unused.levels = TRUE) : 参数'env'的种类(list)不对




使用BiodiversityR包中的CAPdiscrim函数做典范主坐标排序,spe为物种数据,env为环境因子数据,代码如下:
library(vegan)
library(BiodiversityR)
> spe=read.csv("spe.csv",row.names=1)
> env=read.csv("env.csv",row.names=1)
> spe=log1p(spe)
> env=decostand(env,"standardize")

环境因子以env表示:
> spe.cap=CAPdiscrim(spe~env,data=env,dist="bray",axes=2,m=0,permutations=1000)
报错:Error in `[.data.frame`(y, , group) : undefined columns selected


环境因子以各自名字表示:
>spe.cap=CAPdiscrim(spe~X1+X2+X3+X4+X5+X6+X7+X8+X9+X10+X11+X12+X13+X14,data=env,dist="bray",axes=2,m=0,permutations=1000)
报错:Error in eval(predvars, data, env) : 数值'envir'参数的长度不是一

跪求大神帮忙解答,万分感谢!附原始CSV数据。
原始CSV数据.rar
大小:(4.52 KB)

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本附件包括:

  • env.csv
  • spe.csv


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