这是一个很好的实务问题，税务冲突、税务混淆的问题我原来也见过，从企业方面来讲一般倾向于选择税负较轻的方法，同时呢，也承担了少缴税的风险，因为税务局也会按照自己有利的方法来计算，所以在这种情况下，最好也咨询地税局，由他们来决定到底使用什么方法，这样就可以有效避免了少缴税的风险，不过一旦出现了税务纠纷问题，也还是很麻烦的。

新营业税细则应当是比16号文更严格了，但是16号文中设备名单由省级税务机关确认的那个应当是继续有效的。

根据“实体法从旧，程序法从新”的原则，我想就很容易判断这些类似的存在混淆、冲突的问题。
个人意见，呵呵。。。