R语言进行基因分析 - 经管之家

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R语言进行基因分析

Mutually_Sincer

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收藏 2017-02-24

最近转到一家制药公司工作，需要分析大量的患病基因与对照基因位点的信息数据并得到分析结果。请问各位网友R中可以进行基因分析的扩展包有哪些？需要做的工作包括：对SNP位点进行基因分型、对分型成功的位点进行哈迪-温伯格平衡检验并剔除偏离位点、进行卡方分析得到OR、95%CI和相应p值、逻辑回归得出基因与患病风险的相关性，最后画出某基因的单体型图。
如果有从事相关工作的朋友望不吝赐教！

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2017-2-24 17:17:33

我想知道用什么软件，，好像基因相关的叫分子诊断？有专门的软件？

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2017-2-26 21:58:40

你做的是很“统计”的分析，我们做生物信息的一般不这么做。

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Mutually_Sincer

2017-3-6 19:05:41

wtc#sofa 发表于 2017-2-24 17:17
我想知道用什么软件，，好像基因相关的叫分子诊断？有专门的软件？

就R软件就可以，不过专业知识懂得太少，运算结果看不懂

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Mutually_Sincer

2017-3-6 19:06:43

tluscu 发表于 2017-2-26 21:58
你做的是很“统计”的分析，我们做生物信息的一般不这么做。

嗯，这里主要就是基因组的分析，专业知识深入一点的啥都不懂……

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