不知道是不是我没怎么理解，如果Y中的元素不全是在X中的话，Z的行数和列数就不能等于Y；换句话说，如果Y和Z一样大，同时Z的元素又来自于Y，楼主是想排一下序？
如果Y中的元素有的不在X中，那个缺值可以用0替换么？如果可以的话，可以尝试以下方法：
x = c(1,4,5,1,2,3,8,9,11,15,17)
y = matrix(1:25,5,5)
z = matrix(y%in%x,nrow(y),ncol(y))
z[z == T] = 1
z = z*y

啊不是这样的……我表述问题
举个例子
X<-c(1.5, 2.5, 3.5)是个长度为三的向量
然后Y是个2*2的矩阵，Y每个元素都在1:length(X)之间且是个整数
假设Y<-matrix(c(1,3,2,1),2,2)
那么我想要得到一个新的矩阵Z
Z<-matrix(c(X[1],X[3],X[2],X[1]),2,2)

不知道可以怎么实现~~~求教

你自己已经解决了
z <- matrix(x[y], ncol = ncol(y))