抱歉，你的问题超出了我的能力范围。不太懂你的模拟，个人建模水平有限。
不过可以和你探讨下MATLAB的代码。
用范例来解释一下吧。
两个色子。一个是好的，一个是偏一面的。
仍色子的几率矩阵是trans转移矩阵是emis
>> trans = [0.95,0.05; 0.10,0.90];
>> emis = [1/6,  1/6,  1/6,  1/6,  1/6,  1/6;
1/10, 1/10, 1/10, 1/10, 1/10, 1/2;];

seq代表的是一个序列，不是写上去的，而是用代码算出来的。
[seq,  states] = hmmgenerate(1000,trans,emis);
1000是步长值。
得到seq，seq在此是 Columns 1 through 12 ....

     2     5     1     5     6     4     3     3     5     4     6     5...

以下略，太长....

再用
[trans, emis] = hmmestimate(seq,states);
得到trans 和emis的值。
>> trans

trans =

    0.9501    0.0499
    0.1069    0.8931

>> emis

emis =

    0.1733    0.1630    0.1733    0.1557    0.1733    0.1615
    0.1129    0.0784    0.1066    0.1254    0.1066    0.4702

可以看出，非常接近设定值。

我现在的问题就是只知道初始状态，想求EMISSION矩阵，那该怎么求？

3# wpcz_c
转移规则都没有，或者历史数据 如果做转移矩阵？

对你的问题我很难回答，水平有限...
不如你就直接用矩阵公式算吧，再加个约束条件做排除法.....
不对之处请海涵。

w=44.93  46.35  44.84
  19.48  19.29  19.25
  17.74  17.3   18.26
  17.85  17.07  17.65;
ww=44.73  44.93  46.35
  19.97  19.48  19.29
  17.39  17.74  17.3
  17.9   17.85  17.07;
ww是W的滞后一期矩阵，它们俩都是状态矩阵，如果直接用矩阵求解的话得到的结果是
0.7398   -3.0057         0    4.0148
    0.1538    0.4273         0    0.2272
    0.2892    1.1156         0   -0.9761
    0.0552    1.7228         0   -1.0628
这个结果不符合要求，我要的是各个元素都大于0小于1，这个约束条件怎么加呢？