参考一下这个例子吧
两个色子。一个是好的，一个是偏一面的。
仍色子的几率矩阵是trans转移矩阵是emis
>> trans = [0.95,0.05; 0.10,0.90];
>> emis = [1/6,  1/6,  1/6,  1/6,  1/6,  1/6;
1/10, 1/10, 1/10, 1/10, 1/10, 1/2;];

seq代表的是一个序列，不是写上去的，而是用代码算出来的。
[seq,  states] = hmmgenerate(1000,trans,emis);
1000是步长值。
得到seq，seq在此是 Columns 1 through 12 ....

     2     5     1     5     6     4     3     3     5     4     6     5...

以下略，太长....

再用
[trans, emis] = hmmestimate(seq,states);
得到trans 和emis的值。
>> trans

trans =

    0.9501    0.0499
    0.1069    0.8931

>> emis

emis =

    0.1733    0.1630    0.1733    0.1557    0.1733    0.1615
    0.1129    0.0784    0.1066    0.1254    0.1066    0.4702

可以看出，非常接近设定值。