这个错误是因为`geom_signif()`在计算显著性时遇到了缺失值。在使用`ggsignif`之前，你需要确保你的数据中没有NA值，并且你的`t.test`能够正确执行。你可以先对数据进行预处理，例如删除或填充NA值，然后再次尝试运行代码。

另外，确保你的数据结构是正确的，`gene`应该是一个分类变量，而`Log2FC`是数值变量。如果`Metabolism`也是一个分类变量，你可能需要将其与`gene`一起作为分组变量使用。

你可以试一下以下的预处理步骤：

```R
# 填充或删除NA值（这里以均值填充为例）
up$Log2FC <- ifelse(is.na(up$Log2FC), mean(up$Log2FC, na.rm = TRUE), up$Log2FC)

# 然后再次运行你的代码
ggplot(data = up, aes(x=gene, y=Log2FC)) +
  geom_boxplot(aes(fill=Metabolism), position=position_dodge(1)) +
  facet_wrap(~ gene, scales="free_x") +
  xlab("Up regulated") +
  geom_signif(comparisons = list(c("Primary", "Secondary")), test = "t.test")
```

如果问题仍然存在，可能需要检查`ggsignif`的其他参数或者数据格式是否正确。

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