你指出的问题,在制度经济学下面已经被采纳并且被很好的克服。
对“利益”的分析,是一切经济分析的基础,制度经济学当然没有忽视它,并且在很大程度上发展了他。例如有限理性,甚至对集体行动等的分析,制度经济学的每一个思想,都是与利益相联系的。因此你指出的这一点在制度经济学里已经被足够重视。
对于你说的要兼容并机的问题,制度经济学更是经济学门类中的典范。法经济学,交易成本经济学,制度变迁与演化,大大包含了法律,管理学,历史,等等各方面的问题。
你提的问题是好的,但是你应该先对制度今济学有了解。建议你多读一读经典的制度经济学著作。有所了解之后,才能够提出真正有质量的问题。