就是说我要合并的每个文件和图上一样只有4列，而且这四列的列名都是一样的，所以说我列名重复了

warning不叫报错。
把你的  by=c('chr','position')  去掉

尝试着用dplyr包中的full_join，去掉by=c("XXX","XXX")这个参数，如果列名是一致的，那么R会自动帮你匹配

感谢，我试试

谢谢                 

昨天报错了之后我就把列名修改了下，现在每个文件的列名变成了：
chr position coverage_sample_name methylation_sample_name
所以现在39个文件的前两列列名是一样的，我也是想根据这两列来进行合并，由于文件过大所以是在服务器上跑的，代码如下：

为了测试代码是否正确，我选取了其中的几个文件的前几百行来做测试，在本地运行这些代码的时候没有报错，并且结果也是我想要的，但是在服务器上投了这个脚本正式跑的时候，出现了以下错误：
nohup: ignoring input
Error in fix.by(by.x, x) : 'by' must specify a uniquely valid column
Calls: merge -> merge.data.frame -> fix.by
Execution halted
我现在完全不明白了，同样的代码为什么本地跑就能出结果，服务器上跑就总是报错，到底我哪里错了

  一个很简单的事，让楼主，很烦恼，但咱们也帮不上。。象数据集合并之类的“数据操作”，在R中，太具”个性“。。不同的数据，甚至用不同R函数读入的数据，用不同R package ，不同电脑平台，其操作都可能有所不同。。学R ,用R ，有时真得很烦。。
   如果，不认真读上几本“数据操作”书，让自已有点”悟性“，莫名其妙的”错“，真是太多了，多得，常想，何必学，何心用！！！