没做过相关的分析，看没有人回帖谈一下自己的看法。
    首先先说一下因子分析，因子分析是利用降维的思想，由研究原始变量相关矩阵内部的依赖关系出发，把一些具有错综复杂关系的变量表示成少数的公共因子和仅对某一个变量有作用的特殊因子线性组合而成。（参考：https://bbs.pinggu.org/thread-2359420-1-1.html）在这里我理解为你12项变量他们之间的关系提取的因子。
    再说一下时间序列，时间序列我认为是12项指标之间，前一年某一项指标对后一年或几年的某一项或几项指标会产生影响。在你的问题中我认为虽然会产生影响，但是如果忽略增发和不增发的问题对于你的面板数据来说某不同年，不同公司之间他们的12项指标结构应该是相似的。
    所以我认为如果你想要做因子分析的话，可以直接忽略时间序列的影响进行因子分析，这个结果应该是有效的。

    但是，需要注意的是，增发前和增发后，他们的因子结构并不一定是相同的。
    举个例子，我们可以用一个人的体重，身高，心跳速度组成一个因子。这个因子可能和他的健康有关。如果我给他注射药物使他心跳大幅增加，那么这个因子和健康的相关程度是否还和原来一样就需要考虑了。

    本身没有研究过这个问题，个人意见仅供参考。