可以的，但是编程有一点点麻烦，而且需要深厚的数学功底去推导一些函数。

...麻烦楼上的教教我吧。。。菜鸟飞过~~~

请大侠指教！！！

告诉你一个简单的方法，使用stata进行计算，命令为xttrans var，当然首先要将数据设定为面板数据xtset id year。你help xttrans会得到如下非常简单而直观的例子：
webuse nlswork
xtset id year
xttrans msp
按照上述命令操作一下你就完全明白啦！
p.s. 我也是编程的菜鸟，无法提供R和Matlab的命令程序，之前也一直在找此类程序但都没找到，忽然间发现采用stata可以方便计算出来。希望能帮到你！

当然可以 可以参考 面板数据马尔可夫体制转换回归模型估计的EM算法及其应用http://www.cnki.com.cn/Article/CJFDTotal-SLJY201205010.htm