我觉得没什么简单的办法。
读三个数据框，相互join 一下，再写入到文件，大概就这么个思路吧，其实也不算很麻烦吧。 如果文件非常大的话肯定是成本大一些

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ibrary(dityverse)
# 三种数据集分别为Ada,Bda ,Cda ,三数据集的变量名应相同
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  myda<-bind_rows(Ada,Bda,Cda)
   xv<-names(myda)
  yda<-myda%>%distinct()%>%add_column(gp=1L:NROW(.), gf=1L)
xda<- myda%>%left_join(yda)%>%group_by(gp)%>%summarise(gf=sum(gf))%>%filter(gf<3)%>%
                           ungroup()%>%selelect(-gp,-gf)
### 用xda 依次获得三个新数据集Anda,Bnda,Cnda

  Anda<-semi_join(xda,Ada)
  Bnda<-semi_join(xda,Bda)
  Cnda<-semi_join(xda,Cda)
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##  以上 *_join 中用了参数 by 缺失设置的特性。。
### 中间数据删除
rm(xda,yda,myda)
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## 不知是否可行，请一试。。。。。
         

xv<-names(myda)   ## 多余了，前认为有用，后又没用它，可删除！！

此问题，是一个不错的，巧用 一系列 tidyr::*_join函数的案例。。 尤其巧用 参数 by =NULL  缺失设置。。。