超市代表现代生鲜农产品物流供应链模式。国内生鲜供应链体系存在两种模式，传统的供应链体系和现代化超市的供应链体系；而开放平台式的生鲜供应链体系正在形成，以永辉彩食鲜、美菜、宋小菜、善之农为代表的第三方供应链体系，控货不控店整合上游种植养殖基地，收集小B端订单，实现规模集采集运等。而对比来看，封闭式的现代化体系超市效率更高，开放式的生鲜供应链体系次之，但整体高于传统的生鲜采购模式。
以农贸市场为中心的传统模式中间渠道多、效率低。生鲜生产的销售一头是分散的农户，一头是有组织的市场，二者在信息流、物流以及资金流的方面的衔接难度较大。以蔬菜为例，一头是分散的生产大棚蔬菜的农户，另一头是城市超级市场蔬菜区，只有实现两头衔接才能完成蔬菜的销售。目前的做法主要是通过小商贩或者农户自己将蔬菜运至产地批发市场，批发商再将蔬菜从产地批发市场运至销地批发市场，再通过城市配送中心配送至各个农贸市场。
基础设施不足、需求与供给呈现区域不对称。当前我国果蔬、肉类、水产品的冷链流通率，即在物流过程中采用冷链物流的比重，分别为22%、34%、41%，冷藏运输率分别为35%、57%、69%，与发达国家平均水平差距巨大。远距离运输需要较完善的基础设施，而从冷藏车的以及冷库角度来看，国内在基础设施方面存在较大的不足，导致生鲜（蔬果、水产品、肉制品等）运输半径小（一般为1-20公里），本地化消费占多数，而在需求比较旺盛的区域，存在供给不足的情况，产品价格较高，同时在运输过程中存在较大的损耗，供给与需求存在失衡。
流通环节多，流通链条长，产品损耗大。国内生鲜整体损耗率水平较高，中国农产品冷藏加工与其他国家相比，产品保鲜化运输比率较低，而欧美日等成熟国家的产品保鲜化比率水平较高，整体维持在60%以上；而根据产后产值与自然产值的比率，中国：美国：日本：欧洲=0.38:37:2.2:2.1；整体水平提升空间大。
生产端产品质量缺乏标准、产品安全难以有效控制。“小规模生产式” 的生鲜供应链体系决定了供应链的不稳定性，采购的分散化导致报税比较困难，上游难以形成企业化的运营模式。同时，在采购端避免采购员吃回扣的问题，采购的监督体系必须完善，分散化的供应链体系难以形成标准化的管理体系，而在前端的损耗控制以及产品结构上不稳定性较高，整体产品的新鲜度以及损耗率难以有效保证。

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