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2018-09-11
如题目:在画热图时出现如下错误:
Error in names(annotation_colors[[names(annotation)[i]]]) <- l :
  'names' attribute [2] must be the same length as the vector [1]

代码:
> library(pheatmap)
> setwd("C:\\Users")
> DEM<-read.table("data.txt",sep='\t',header=T, row.names = 1, quote = "")
> designNC =  c( rep("N",6), rep("P",5))     
> group_info <- data.frame(row.names=names(DEM),groups=designNC)
> metaclass<-read.table("group.txt", sep='\t',header=T,quote = "")
> designClass= c(rep("Alcoholsandpolyols",5),rep("Benzeneandsubstitutedderivatives",5),rep("Benzenoids",1),
+                rep("FattyAcyls",26),rep("Flavonoids",7),rep("Glycerolipids",2),rep("Glycerophospholipids",44),rep("Harmalaalkaloids",2),
+                rep("Quinolinesandderivatives",2),rep("Sphingolipids",7),rep("Steroidsandsteroidderivatives",14))
> group_class<-data.frame(metclass=designClass)
> pheatmap(DEM,color=colorRampPalette(c("navy","white","firebrick3"))(100),fontsize_row=10
+          ,fontsize_col=10,scale="row",border_color=NA,cluster_rows = TRUE,cluster_cols = TRUE, annotation_col=group_info, annotation_row = group_class)


目的是想做出附件中的图

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原图尺寸 139.44 KB

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2018-9-28 10:36:54
帮忙顶~希望楼主的问题能够尽快解决
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