z$r <- ifelse(z$x > 3, 1, 2)

应该 ifelse 返回的值是你需要的，但是你的ifelse语句本应该只给值的语句产生了副作用，即对z dataframe的变量赋值。
ifelse 执行会对后面两个表达式求值，并且依次执行，
执行到
， 最终的结果是z dataframe的r变量变成了2（长度不一致的向量R这里会自动循环）。
应该写成：

明白了，特别感谢您的详细解答，非常感谢[handshake]

非常感谢您的帮助。