merge statement的运行，是按照它的by variable进行分组的。以你的程序为例，以id分组，id为1的时候，a中的1 m math 100，1 m chinese 99与b中的1 f 13为一组。merge分组之后，在PDV里面开始读入和写出，其中一个性质为，同一组内往PDV中放的时候，不会进行re-initialization，也就是PDV输出一个obs之后，并不会把PDV中的数据清除。当一组全部输出完毕，进入第二组时，才会清零。

在PDV中的运行机制，就以你的程序为例：
第一步，初始化阶段，PDV构架如下：
id     sex     subject     score     age
第二步，将a中第一组id （id=1的那一组）的第一个obs读入
id     sex     subject     score     age
1      m       math        100       .
第三步，将b中第一组id 的第一个obs读入，有相同variable name的就会覆盖，例如sex就会覆盖，age的missing值会被更新
id     sex     subject     score     age
1      f         math        100       13
自此，新数据集all的第一个obs产生并输出到all里面。由于上面也说过，merge在同一个组内，读出第一个obs到新合并数据集后，PDV不会被re-initialized，所以第三步中的全部数据，将会被保留，然后开始下面的读取。
第四步，将a中第一组id的第二个obs读入，sex会被覆盖为m（这个就是你疑问所在），math会被覆盖为chinese，score会被覆盖为99。
id     sex     subject     score     age
1      m       chinese        99       13
由于b中没有第二个obs，而b的第一个obs并不参与all第二个obs的构建，仅仅是age在PDV里面被retain为13，所以这个就作为all的第二个obs输出。自此，merge的第一组id过程完成。然后进入第二组id的merge，此时PDV会进行re-initialization，里面的值都会被清除，便于开始读取第二组id的内容，过程与上面描述一样。

要想知道merge的过程，还是需要仔细研究一下PDV的运作机制，希望这个回答能够对楼主有所帮助。