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19565 5
2019-11-20
做DESEQ2换了个文件就出错,代码是Error in DESeqDataSet(se, design = design, ignoreRank) :
  some values in assay are not integers,请问各位大佬怎么解决啊?
具体代码如下:
library(DESeq2)
setwd("D:/RDATA")
mycounts<-read.csv("500samplegutotu.csv",header = T)
head(mycounts)
rownames(mycounts)<-mycounts[,1]
mycounts<-mycounts[,-1]
head(mycounts)
condition<-factor(c(rep("case",69),rep("control",422)),levels=c("case","control"))
condition
colData<-data.frame(row.names = colnames(mycounts),condition)
colData
dds<-DESeqDataSetFromMatrix(mycounts,colData,design= ~condition)


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2019-11-21 16:00:24
已经解决了,谢谢
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2020-8-22 10:37:48
kkykim 发表于 2019-11-21 16:00
已经解决了,谢谢
想问下楼主怎么解决的这个问题,最近自己也遇到了同样的问题,不知道怎么去做
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2021-10-9 17:30:55
ddm<-DESeqDataSetFromMatrix(countData=round(count.mat),colData=matrix,design=~condition)
round函数取整数
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2022-7-3 14:02:52
kkykim 发表于 2019-11-21 16:00
已经解决了,谢谢
想请问楼主怎么解决的

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2022-7-3 14:03:22
shi158 发表于 2020-8-22 10:37
想问下楼主怎么解决的这个问题,最近自己也遇到了同样的问题,不知道怎么去做
想问楼主解决了么
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