2009年6月，Thomson Reuters公司发布了EndNote X3 For Windows的最新版本。并于8月发布了EndNote X3 For Mac 最新版本，新版本在技术上又有了新的突破，新功能如下：  
1、除了word外，还可以在OpenOffice.org Writer 3、Apple Pages这样办公软件中添加endnote插件，自由地实现参考文献的边写边引。  
2、新版软件加快了运行的速度。   
3、新版可以通过EZ-Proxy代理在离开单位的情况下找单位权限的全文。  
4、新版的软件实现了在编写学位论文或图书时的参考文献引用方式，即同时可以在每一章节和结尾处均产生参考文献。  
5、新版软件解决了化学类期刊的整组引用文献格式，参考文献既有1.2.3这样组的排序，也可以在一个组下面产生a、b、c这样的字母排序的参考文献。  
6、参考文献的分类可以实现二级分组。  
7、新版软件可以对查重的文献进行并排详细比较，自己决定保留哪一个文献。  
8、新版软件在压缩附件时可以选择是否同时压缩附件，也可按照组或者选择的文献压缩文献   
9、常规更新：filter、style、connection的增加。