期货平仓分为对冲平仓和交割平仓
楼主看到的现货，就是交割平仓的货，比如有人卖空期货合约，没有对冲平仓就只能交货，就是交割。期货合约空头按交易所规定，交割注册品牌的标准品到交割库，入库后拿到仓单。一般商品期货交割必须在最后交易日后5天完成。
          所以楼主看到的货仓中的货首先是空头的，入库拿到注册仓单，但入库的货会迅速转到期货合约多头，交易所按照地域等条件，配对期货需要交割的多空双方，当然交割地首先是空头有选择权。
        实际操作，企业会有一个仓单转让系统，就是一个电子系统，卖方货入库拿到电子仓单，然后在系统中转给买方，买方拿仓单可以到交易所提货，反正仓单在谁手里，交易仓库的货就是谁的。
        当然交易所不可能免费提供仓库，要收很多费用的，比如交割费，入库费，保管费，检验费等，不同品种期货费用名目不同。
        我有过实际操作经验，但可能表书不够清楚，见谅！

后面的问题：
交易所会在各地设立交割库，一般情况下库中有货，当然库中的货还是属于仓单持有者的。但一般库容不会满，如果满了就要启动备用库，如果备用库也满了，交易所就不再接受卖方交货，即存在有货想交割但交割不了的情形。
大豆的问题：首先，一般自然人是不允许进入交割程序的，到最后交易日必须平仓。法人可以交割，如果出现卖空期货合约，但自己的现货又不够，那就必须到市场上买大豆满足交割，如果整体市场出现这种情况，就是所谓的逼仓，市场没这么多现货，又要逼空头交货，结果就是价格飞涨，直到空头彻底认输为止，当然这种时候国内交易所可能会出来调停双方。
国内逼仓的行情有，但不多，国外经常发生。资金实力强大的投资者把市场上的现货都大部分都买进来，同时做多期货合约，最后市场货源短缺，期货空方想到市场买货交割都买不到，只好平仓认输，就是交钱。出现最极端的行情，交钱认输都不行（连续涨跌停），或者交易所调停，这种情况下最后破产的很多。

还有一种情况，就是交割违约，没货就赖着不交，但罚款很重，我没碰到过实际情形，不好描述。

谢谢楼主的提问和comexk的回答

非常感激comexk 详细热心的回答
万分感激！
  但是我还是回到最初那个问题， 就是这里 “交易所会在各地设立交割库，一般情况下库中有货，当然库中的货还是属于仓单持有者的。”
我想应该是一开始建立期货交易所的时候，交割仓房就会有相应的现货。那这些现货是谁的呢？因为那时候还没有谁有做空的。
因为我觉得交割仓应该是一直都会有自己的现货储备的。那这个现货的所有权是谁的呢？
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因为没有接触实务，所以总是搞不懂。再次真诚谢谢comexk~

实际交割的极少

楼主，期货交易中涉及现货交割的部分可能只占1%-3%左右，期货交易的是标准化合约，不是实物。

     申请交割的帐户所有者必须为企业法人（多空方必须为企业法人）。
     交割前一个月投机单会被提高保证金，然后交割当月会将投机单强制平仓。交割期前多空又方都是已申请交割的帐户。
     交割前空方货场入库，取得凭证（仓单），多方申请交割。然后交易所将多空双方配对，交割时空方的仓单转给多方，多方的资金转入空方帐户。完成交割。
     大致是这么一个过程。可以看看《期货市场教程》

另外，楼主的问题很奇怪，为什么一开始交割仓库要有货？
        期货市场是零和市场，一个人做多，另一个人做空才能完成交易。
        交割也是这样，如果只有多头要求交割，没有空头出货，也就没有交割了。

如果真的没有空头愿意出货，通常都是供需出了问题，那怎么办？多头提高价格不就有空头卖了么？  如果空头出的价格太高，多头接受不了，也就没有那么多多头了。同样也就没有无法配对的多头了。结果就是平衡了。
        交割是如此，交易也是如此。

差点忘了楼主是这么说的：
另外，我想问下，假如农民做空5年期的大豆，那到期的时候，如果农民采用交割方式，但农民没有产出足够量的大豆，那他是不是得去现货市场上购买相应差额呢？。
       首先，某一个普通交易者，比如您说的一个农民伯伯，他是无法直接参与交割的，交割是对企业法人而言的交易方式。
       然后，如果这个农民伯伯确实交易了，他是空头，卖出2张单，1张单10吨。到时他的产出不到这个数，那么就……  其实他真的交易的话，他做的是投机单，可以随时买入平仓的，嗯……哪怕他是企业法人，手里的是套保单，同样也可以买入平仓。
       引申一下，他为什么到期货市场来交易？  来把产出销出去？  期货市场的作用或者说功却不是这样，也从来不是为了销售现货。它是用来为生产商和销售商以及加工商来锁定价格变化风险，或者说转移风险的。投机者入市承担价格变化风险并期望获取风险收益。
       这部分涉及到套期保值，你可以搜索一下相关资料

comexk的回答及楼主的提问都非常精彩，感谢解惑