最好这样，你给一个简单示例，不需用原始数据。你说的要求，有源数据库，有样本矩阵，有筛选index，有结果矩阵，结果矩阵（表格）又是编号又是基因表达的，比原来你说的矩阵合并复杂，怕理解错了。

我是想根据Excel导进去的表里面的编号（像这样的GTEX-111CU.....），从大的矩阵中筛选并重新构建一个只含有需要的编号的矩阵？谢谢了

麻烦看一下了

比如：
>e
row. names wushu   lush    jiuliu

sw                 1          5      6

de                  3         3      6

fr                  4        5       6

gt                 4        6      3

hy             3          5    12

ju           13          34     56

ji             12        34    43

>f

row. names       sample     size     tie

de                    Nada        as     tf

hy                       as       Ed       fs

gt                           as     ft     df

现在想要的就是从e矩阵中重新构建出只有de,hy,gt列名的三行矩阵，行名不变。（de,hy,gt来源于f矩阵）然后运行
g=dplyr::inner_join(f,e,by =row.names)
Error in UseMethod("tbl_vars") :
"tbl_vars"没有适用于"c('matrix', 'character')"目标对象的方法
运行g=merge(f,e,by =row.names)
Error in as.vector(x,mode):
cannot coerce type ‘closure’to vector of type 'any'

大致看了你的说明，我不确定是否懂了你的想法。我猜是这样啊：
1、你的原数据是矩阵，不是数据框，所以用inner_join出了问题。
2、你想用excel表中列的样本编号，索引原数据中的基因数据。
基于上述理解，我想可能的方法：
1、原数据矩阵先as.data.frame()转成数据框E，看看列名的样本编号还在不在，如果在的话，将数据框转置一下，用 t()函数。因为你的原矩阵中列名是样本编号，行名是基因表达，所以转置以便后面合并操作。
2、转置后，数据框应该是没有列名的，第一列应该是样本编号，但[1，1]应该是NA。这时，应该为数据框定义列名，第一列，比如说index，随你喜欢，从第二列起，把第一行的基因表达作为各列的列名。然后删除第一行，因为[1,1]是NA。这样，原数据就应该调整好了。
3、读入EXCEL表，用读入数据的第一列重新做个数据框F（只用这一列），之所以重做，是因为列名改为index，和原数据第一列列名相同即可。
4、可以不用你那个inner_join()，这是取交集的。直接用left_join(), 比如 result <- F %>% left_join(E, by="index")
估计不出问题的话，应该是你要的结果。如果在结果中你想加上excel表中其它列数，在第3步select就可以了。

我合并好了，但怎么数据懂丢失了？能麻烦再看一下吗？显示：Warning message:Column `xuyao` joining factors with different levels, coercing to character vector

能帮忙在看一下吗？数据丢失了
显示：Warning message:Column `xuyao` joining factors with different levels, coercing to character vector
这是需要被筛选的数据框，从excel表里选出的一列，最后是结果

挖野菜去了，刚回家。奇怪啊，竟然样本和指标都在，值却是NA，我也不知道哪步出错了。你一步步调试，检查源数据矩阵调整后合并前是否数据是NA，估计是这里的问题，合并函数不应该出错的

另外，我看你源数据的样本编号都是.分隔的，而excel表的样本编号用－分隔的，二者格式有很大差别，是不是源数据中没有这205个样本编号啊，或者有编号但格式不一致？

你把excel表的样本编号中的－替换成“.”试试

弄好了，虽然合并的时候还是丢掉了一些数据，但改了之后大部分保留了，不影响结果。真的太谢谢了，真的细心、厉害，感谢了。大神如果还有时间的话，可以再帮我看一下，为什么有的行全是NA,想弄清楚一下
运行后显示：Warning message:Column `xuyao` joining factors with different levels, coercing to character vector

我是初入门，憋家里闲的，找个乐，呵呵，真的不用客气。NA的样本，我也不好说什么原因。我体会，很多问题都是源于数据的格式或类型以及R对数据的默认处理，比如读入excel的数据看起来正常，但可能有编码的问题，也可能有数据类型的问题，都会导致意想不到的结果。所以，我都尽量用csv数据。以后再做分析时，留意对原始数据的清洗调整就好了。