国家级奖包括国家最高科学技术奖、国家自然科学奖、国家技术发明奖、国家科学技术进步奖、中华人民共和国国际科学技术合作奖，共五个奖项，每年评选一次。其中中华人民共和国国际科学技术合作奖授予外国人或外国组织。国家级奖代表我国自然科学、工程与技术、农林科学、医药科学最高学术水平。获得国家级奖最多的大学，一定是在国家最高水平项目中成果最多的学校。
从国家级奖的得分可以清楚地看到，清华大学在科学与技术领域最高水平的竞争中，以绝对优势领先全国其他大学。另有上海交通大学、浙江大学、北京大学、复旦大学、西安交通大学等五所大学的得分相当于清华大学得分的三分之二以下、三分之一以上。其他大学的得分均不足清华大学的三分之一。
在《2010中国大学评价》中获得国家级奖前20名的大学

排名	校名	得分
1	清华大学	100.00
2	上海交通大学	65.45
3	浙江大学	60.99
4	北京大学	57.62
5	复旦大学	48.56
6	西安交通大学	44.32
7	中南大学	41.27
8	南京大学	28.98
9	哈尔滨工业大学	27.65
10	吉林大学	23.78
11	同济大学	23.77
12	中山大学	23.73
13	四川大学	23.53
14	中国农业大学	22.53
15	北京航空航天大学	22.48
16	华中科技大学	20.92
17	天津大学	20.14
18	中国石油大学	19.00
19	中国矿业大学	18.87
20	东北大学	17.65