二阶段最小二乘法的思路是将所有的外生变量结合起来产生一个复合变量，作为“最佳”工具变量。作法是将在模型中用作解释变量的每一个内生变量对模型系统中所有的外生变量回归，然后用回归所得到的这些内生变量的估计值（拟合值）作为工具变量，对原结构方程应用工具变量法。
2SLS法的具体步骤：
1 将要估计得方程中作为解释变量的灭一个内生变量对联立方程系统中全部前定变量回归（即估计简化式方程），然后计算这些内生变量的估计值
2 用1得到的内生变量的估计值代替方程右端的内生变量（即用他们作为这些内生变量的工具变量），对原方程应用OLS法，以得到结构参数的估计值。
系统方法的主要优点是：由于它们将所有可得到的信息融入其估计值中，因而估计量的渐进有效性由于单方程方法，缺点是计算成本高和对误设定很敏感。