选题是医药学科学研究的起始步骤，关系到科研的成效和整个论文的写作。医刊汇编译指出，选题的原则首先在于创新性，还有科学性、实用性和可行性。目前医药学科技期刊论文在选题方面常见的问题主要是创新不足、题大文小、不符合伦理要求、与目标刊物内容不符等。
　　一、创新不足。选题的创新性是指有新的理念、新的举措、新的突破、新的借鉴，或者填补某项空白，甚至老药新用、成熟技术的改进等。据相关统计发现发现，医药学科技期刊论文最常见的问题是选题陈旧雷同，多是已在医药学期刊上发表过的，或者是已知的公论，又没有新的看法和争鸣。因此，作者在选题、确定题目的过程中，要做好“查新”工作，即广泛查询和阅读文献，了解相关领域的研究现状和进展，避免选题重复。
　　二、题大文小。有些作者撰写的论文文题较大，似乎所涉内容广泛，而实际文章内容只是针对了其中的一部分进行阐述；有的文章内容可能涉及范围较广，但可读性不强，对各部分议题浅尝辄止，论述不深入。
　　三、不符合伦理要求。在医药学科研工作中，所有的临床医学研究都应当遵循医学伦理学的原则，取得受试者的知情同意，给予其充分的自主权，尊重其选择权。而目前临床研究性论文所涉研究常常没有附上医学伦理委员会的批准文件和患者的知情同意书，缺乏伦理学支持，或者所观察研究的治疗药物或技术违背常规的诊疗规范，忽视了患者的利益。
　　四、与目标刊物内容不符。目前正式出版的医药学专业期刊有上千种，包括综合性的和专科性的，每本刊物都有其办刊宗旨和报道范围，作者投稿时应当详细阅读目标刊物的“稿约”或“投稿须知”，充分了解目标刊物的选稿范围和方向，避免盲目投稿所致退稿。