1999年以前，高校普遍受财务制度“量入为出、收支平衡”
预算编制原则的影响，高校债务较少，高等教育规模也比较稳定，高校基建主要依赖于ZF的拨款。随着1999年高校扩招，“银校合作”逐渐兴起，高校从银行借入大量的贷款，以满足扩招带来的校园基本建设需求。高校贷款集中形成于1999年到2004年间，并逐渐引起ZF部门和外界的关注。2004年审计署对教育部等中央部门直属的18所高校债务、投资等情况进行了审计调查，发现：至2003年末，18所高校债务总额72.75亿元，比2002年末增长45%，其中基本建设形成的债务占82%。
2011年，审计署在第35号公告《全国地方ZF性债务审计结果》中对地方高校债务规模进行公布，截至2010年底，1164所地方所属普通高校有ZF性债务2634.98亿元。公告还显示，当年借新还旧偿债额为542.47亿元。有95所高校存在债务逾期现象，逾期债务为27.18亿元。由此不难看出，我国高校债务规模巨大，负担沉重，甚至部分高校影响到学校的正常教学。高校负债问题已成高校发展过程中不容忽视的重要问题。