跟西方主流经济学的研究方法相比，马克思主义经济学研究方法还具有其自身的优势，笔者归纳为三点：
第一，马克思主义经济学研究方法更适合于定性研究。这是由马克思主义经济学偏重于哲学分析方法所带来的。比如《资本论》里面对货币的研究。马克思运用矛盾的分析方法，分析了价值形式发展的每一个阶段，从简单的，偶然的价值形式到扩大的价值形式，再到一般价值形式，最后到货币形式。货币的产生不是一蹴而就的，是商品交换发展到一定阶段的产物，是价值形式发展的必然结果，而价值形式之所以能发展，是每个阶段矛盾发展使然。货币的本质不过是充当一般等价物的商品。这种经典的研究分析在《资本论》里面比比皆是。
第二，马克思主义经济学研究方法更适合于跨时期研究。所谓跨时期这里所指的是较长的一段历史时期，西方主流经济学在这一点上跟马克思主义经济学的差距十分明显。就像这次震惊全球的次贷危机，华尔街的金融专家与美国的经济学家既然都未能预测到，这就是很好的案例。而在《资本论》里面，从资本的原始积累到自由竞争的阶段，两三百年的岁月，马克思把这段历史的经济规律鲜明地展现出来，而且对还对资本主义的未来作出了一系列科学的预测。马克思只所以能做到这一点，就是它研究方法的保证，而这种研究方法体系的“硬核”就是唯物史观和唯物辩法。
第三，马克思主义经济学研究方法由于其定性研究的优势，决定了其更能触及到经济现象的本质，更能解释经济现象。比如谈到商品的价格，西方经济学认为是供求的“剪刀叉”决定。而马克思主义经济学认为是商品的内在价值决定的，围绕供求上下波动。当我们分析一架飞机与一辆自行车的价格差距为何那么大时，显然马克思的研究方法更有说服力。因为自行车的需求一般讲总是大于飞机的，西方主流经济学的供求框架显然难于自圆其说。用马克思主义经济学的方法——价值决定理论，从社会必要劳动时间找原因，一下子就一目了然

楼主，其实吧，可能这是因为现实的人们都将二者对立起来，如果这二者融合，你也许会看到，马克思经济学与现代经济学是一脉相承的，其解释和解决问题将变得简单明了，并将提供解决几乎所有现实问题的框架。