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对CITE_PBMC数据实施Wilcoxon测试,来进行差异表达分析。
楼主
snile
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收藏
2021-10-28
如何对CITE_PBMC数据通过在 Seurat 中实施的 Wilcoxon 测试,通过 CD4 和 CD8 基因的差异表达分析来鉴定簇。我现在有CITE_PBMC_counts_top2000.h5的数据(R加载后,如下图一所示),想呈现可视化CD8和CD4蛋白水平 和 RNA簇上蛋白质水平(具体如下图二和图三所示)。但我刚接触该类型数据和R语言,有以下几个问题,希望大神能指点一下:1. 具有最显着高表达的 CD4 和 CD8 mRNA 的簇分别标记为 CD4 和 CD8 T 细胞,该如何根据h5数据来确定CD4 和CD8的T细胞?
2.
https://www.jianshu.com/p/e19e76d44287
参考提供的链接(图三为该链接中的RNA簇蛋白质水平可视化图),但是不知道该如何注释当前的数据。
请大神指教!十分感谢!
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全部回复
沙发
llb_321
2021-10-28 21:31:07
这个太专业了,seurat官网有教程的.
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藤椅
snile
2021-10-29 10:02:32
llb_321 发表于 2021-10-28 21:31
这个太专业了,seurat官网有教程的.
大神一句话,菜鸟少十年。感谢大神回复,我本人也初接触这个方向。那请问大神能否提供下Seurat官网上有关的链接吗?或者指点下如何确定CD8和CD4细胞。十分感谢!!
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