赛恩斯编译在工作中发现，关键词不能准确反映论文的主题内容并有遗漏；关键词泛化冗余，专指性不强；关键词排序随意，逻辑性不强；关键词不规范；关键词的词性不明、构词不准确、内涵不清晰、标引深度不恰当等，是学术论文关键词标引中存在的常见问题。具体而言，导致学术论文关键词标引出现问题，主要有以下几个方面原因：
　　一、思想观念上没有重视关键词标引的意义。国内期刊出版界普遍存在不重视关键词标引的情况。尽管有一系列标引标准和规则的要求，但在主题分析、标引深度、构词等方面没有统一的要求。大部分期刊发表论文其关键词都由作者自行标引，编辑不加把关或把关不严，由此造成错标、漏标。
　　二、标引人员素质有待提高。标引工作的专业性和复杂性，对标引人员的素质提出了高要求。标引工作不仅要求标引人员掌握标引方法和规则，而且要求其具备合理的知识结构，对有关的知识领域的研究对象、学科分支以及新学科、新技术、新方法等有所了解，具有熟练的业务技能。
　　三、现代汉语词汇的丰富性在关键词标引中体现为一词多义、一义多词和同义词、近义词和相关词，给标引人员增加了工作难度。
　　四、工具书存在缺陷。在标引关键词时，一般从相关专业主题词表中选取，由于这些专业主题词表收词量大、涉及学科门类多，专业性强，词群关系复杂，目前专业主题词表电子版存在主题标识控制不够严谨、选词不够规范、主题词排列顺序有误等问题。专业主题词表也存在对新兴学科和技术领域出现的新关键词把握不准确、不能及时更新等不足。