概述
金融市场微观结构理论以微观经济学中的价格理论和厂商理论作为其思想渊源，而在对其核心问题——金融资产交易及其价格形成过程和原因的分析中，则用到了一般均衡、局部均衡、边际收益、边际成本、市场连续性、存货理论、博弈论、信息经济学等多种理论与方法。根据研究方法的不同，金融市场微观结构理论的发展可分为两个阶段。
第一阶段，基于存货的研究方法
由此得出的模型统称为存货模型。存货模型认为，作为市场中介的做市商在做市时将面临交易者提交的大量买入和卖出的指令，而这些指令本身所具有的随机性决定了在买入指令和卖出指令之间会存在不平衡，为消除这种不平衡以避免破产，做市商必须保持一定的股票和现金头寸，而这些头寸的保有又会为其带来相应的存货成本，所以买卖报价价差即是做市商为弥补存货成本而设定的。H.Stoll等人在后来的研究中扩展了存货成本的范围，除因保有现金、股票头寸而产生的存货成本之外，还包括指令处理成本和由信息不对称产生的成本等。在存货模型中，所有交易者都是根据做市商的报价和自己的最优化条件来决定买卖行为，而做市商在避免破产(股票和现金头寸减少至零)的前提下，以最大化单位时间内的预期收益为目标来设定其买卖报价。因此，所有的交易者和做市商都不是知情交易者，他们拥有同质的信息。产生价差的原因是包括存货成本在内的交易成本，而不是由信息不对称引致的信息成本。根据分析方法的不同又可将存货模型分为3类：
第一类以M.Garmen为代表，着重分析指令流的性质在证卷交易价格决定中的作用。Garmen1976年认为有每个交易主体根据自身最优化而决定的指令流在市场上汇集时会产生量上的不相等，于是他假设市场主体的随机市场指令流是依据泊松过程而产生，并以此为基础建模描述资本市场中这种“时间上的微观结构”。
第二类以Stoll、Ho等人为代表，通过分析做市商的决策最优化问题来考虑交易成本(包括存货成本在内)对证券价格行为的影响。Stoll1987年认为，市场价差反映了做市商承担由做市行为所导致的风险而付出的成本，但其研究仅限于单时期内的最优化问题。后来Ho-Stoll(1981)和O Hara.Oldfield(1986)通过多时期模型考虑了存货的时际作用。
第三类以Ho-Stoll(1983)为代表，着重分析多名做市商对价格决定的影响。存货模型的核心是指令流的不确定性问题，从而引起做市商的存货持有问题。由于这种研究方法得出的结果对现实的描述与解释能力有限，因此也就促使其他研究方法的引入。
第二阶段，基于信息的研究方法
由此得出的模型统称为信息模型。其基本特征是用信息不对称所产生的信息成本(而非交易成本)来解释市场价差。它不仅可以考察市场动态问题，即市场价格的调整过程，还可以对知情交易者和不知情交易者的交易策略做出解释。
Glosten和Milgrom(1985)提出的序贯交易模型首次将动态因素引入信息模型，从而将交易视为传递信息的信号。考察了做市商根据从指令流中学习到的信息对价格进行动态调整的过程，这一过程被称为贝叶斯学习过程，它也是信息模型中分析价格动态调整过程的重要工具。随后，Easley和O Hara(1987)考察了交易规模对价格行为的影响，其研究表明，做市商的定价策略与指令规模有关，数量较大的指令往往以较差的价格成交。在1992年，他们又证明了交易的时间性对价格行为的影响，而且交易间隔会影响价差大小。这类信息模型主要是用于分析做市商的定价策略，而不能用于分析交易者的交易策略。
以上的信息模型是以做市商的报价行为作为研究对象，而后来的模型则将对象拓展至知情交易者和不知情交易者的交易策略，交易模型也由序贯交易模型转为批量交易模型，相应地，其分析工具也由贝叶斯学习过程转为理性预期分析框架。其主要特点是行为主体根据观察到的市场数据所作的有关他人信息的推测将影响行为主体的决策问题。在以知情交易者为考察对象的信息模型中，知情交易者根据私人信息、按一定的交易策略进行交易，目的是使预期盈利最大化；而不知情交易者则出于流动性需要进行交易，而在以不知情交易者为对象的信息模型中，又将其细分为相机抉择流动性交易者，前者的交易目的是使预期损失最小化，而后者则出于流动性需要进行交易。