作为研究成果的博士学位论文反映了各个学科领域较高层次的研究水平。关键词是直接从论文的题名、正文或文摘中抽取出来的具有检索意义的语词。下面，医刊汇编译结合工作经验，就博士论文关键词标引中存在的问题加以分析。
　　一、主题概念转换不恰当。关键词是由叙词(正式主题词)和自由词组成的，但在标引过程中应尽量将主题分析时提炼出来的自然语言转换成规范化的语言，使之尽量向主题词表中的主题词靠拢，然后再用自由词作为标引的补充。关键词标引的主要作用是通过关键词的逻辑组合，提示论文的主题内容，若论文的关键词不能准确地揭示论文的主题内容，将直接影响检索的查全与查准。
　　二、专指性不强。标引人员在对论文主题进行充分分析后，要针对主题概念在主题词表中查找相应的叙词，并将其主题概念准确、适度地表达出来。在叙词表中查找叙词的过程是一个探索过程，通常由于标引人员对主题词表的不熟悉或查找的方法不当，都会造成选词的不专指。
　　三、标引深度不足。较高的标引深度有利于提高检全率。标引深度不足是指论文中提炼和分析出来的主题少于论文提供的主题，没有把符合检索要求的所有主题提炼出来而造成漏标、漏检，影响论文的查全率。标引深度不足主要表现为：忽略隐含主题；漏标论文的局部主题；综合论文集没有作分析标引等。隐含主题是指在论文中没有直接加以描述，而是隐含在不同字面形式中的主题。因此，隐含主题在标引过程中常常会被遗漏。
　　四、排序不当。在复合主题的博士论文中，由于主题的复杂性，使得对论文主题的分析不够充足与深入。此情况下所标引出的关键词未能按关键词标引的优先顺序排列，缺乏一定的逻辑顺序，条理混乱，特别是对检索有重要意义的首标词顺序的选择不当，会导致博士论文的主题无法得到准确完整的揭示。
　　五、标引不一致。标引的一致性主要是要求对同一文献或相同主题的文献赋予相同的检索标识。一致的主题标引可以使相同主题概念的文献集中在相同的检索标识之下，从而提高检索效率，保证读者在检索时能查全与查准。标引的不一致主要体现在不同标引人员对同一主题的不同理解以及同一标引人员在不同时间对相似主题的不同理解等方面。
　　六、数量过多或过少。在学位论文关键词标引中，关键词的数量要求是3～8个。一般来说，单主题学位论文选用3～4个，多主题学位论文可多于5个，不能超过8个。但是，在一些学位论文数据库中，主题词过少或过多的情况也时有发生。如主题词过少，则会导致标引深度不够；如主题词过多，则容易出现标引过深的情况。两者均会影响文献的检全率和检准率。