因为绩效工资与奖金都是与员工的绩效高度相关的薪酬，所以很多企业的人力资源管理者在薪酬管理上，常常混淆两者差异与区别。绩效工资与奖金的混淆，容易造成薪酬总额失控、内部不公平、薪酬结构针对性差、激励效果减弱等问题。
如果我们从岗位职能的角度来看，就能比较清楚的分清两者的区别。一般来说，一个岗位的基本工资是针对岗位的基础职能的价值贡献的，绩效工资是针对核心职能的价值贡献的，奖金是针对扩展职能的价值贡献的。所以，绩效工资一般是针对岗位核心职能的绩效考核结果来确定的，一般按绩效工资基数乘以绩效考核设定的系数来确定。绩效工资的总额是很容易控制在一定范围之内的。奖金是针对员工的特殊贡献和整体协作效果的，是根据企业、部门或项目的整体经营目标（一般以利润目标为基准）达成情况，来确定奖金总额基数，再按部门贡献率和个人贡献率来逐层划分的。奖金是按整体经营业绩比例提取的，经营业绩稳定的企业比较好控制，对于经营业绩波动比较大的企业可以按浮动定额提升和阶梯提成等方案。需要特别指出的是，销售佣金和提成，应纳入奖金管理范围，以进行总额控制。