金禾实业共设置了生产部等 12 个主要职能部门及分支机构，其具体职能如下：
1、金禾实业生产部
负责生产调度，实施过程控制管理，确保有序、安全、文明生产；加强生产过程劳动管理，组织人员培训，提高生产效益，严格按照 ISO 标准要求对生产各环节执行管理，保证产品生产质量符合标准要求；负责生产设备的日常检查、维修、保养，建立生产台帐；负责生产批记录、SOP 文件的收集整理；依据销售计划和订单，负责编制月、日生产计划、采购计划、发货计划，并及时传达到相关部门。
2、金禾实业安全环保部
宣传贯彻执行国家、行业、地方的安全生产和环境保护工作的各项方针和法规及相关规定；监督检查生产过程中出现的安全技术、劳动保护、有害物质的排放和环保设施的运行；贯彻执行安生生产责任制以及各项安全生产和环境保护规章制度；督促、协调安全生产和环境保护工作，使生产经营工作安全有序进行， “三废”排放符合国家标准要求；通过技术和管理措施以及环境绿化美化，提高安全生产水平，预防和减少环境污染，改善生产劳动条件和环境质量。  
3、金禾实业设备部
负责各车间生产设备的日常维护保养；新生产设备的验收与老生产设备的处置；各生产车间生产设备的动态跟踪管理；以及参与新项目建设的生产设备的设计、安装与调试等。
4、金禾实业质量管理部
负责产品质量检验，执行国家、行业、地方的质量法规，组织编制质量体系文件，指导、督促质量管理体系在公司内部有效运行并持续改进，检查监督生产与科研中技术质量标准、工艺技术文件的执行；办理质量证明文件和负责质量统计工作。
5、金禾实业人力资源部
贯彻国家有关劳动、薪酬、社会保险和职业培训教育的方针、政策和法律法规，按照市场经济的要求和公司人力资源管理的总体规划，组织实施对各部门及员工的业绩考核、培训，处理劳资关系；合理进行金禾实业公司人力资源优化与配置，最大限度调动和发挥员工的劳动潜能，提高劳动生产率。
6、金禾实业销售部
负责金禾实业公司产品市场信息的收集整理；国内外客户信息的收集整理；定期编制市场信息和客户信息动态资料；公司产品市场推广与销售计划的拟定与实施；客户的开发、跟踪、维护与资信评级管理；产品销售合同的签署与后续操作执行；以及产品的销售配送和售后服务工作。
7、金禾实业采购部
根据金禾实业公司生产经营目标及工程项目需要，组织采购原材料、设备、仪器、配件等；贯彻执行国家、行业、地方颁发的政策、法规等；拟定采购及物资管理制度，确保材料采购质量，控制成本，提高经济效益。
8、金禾实业综合管理办公室
协助总经理贯彻执行国家、地方、行业有关方针政策，按照总经理授权或布置，协调抓好公司行政事务；检查行政工作部署、决议、决定的贯彻执行；负责行政日常文秘工作、档案管理、法律事务、规章制度、电话通讯、公司公务用车、保卫保密工作；负责公司对外接待工作。
9、金禾实业研发中心
负责新产品和新工艺的研发；根据公司发展规划，编制金禾实业公司生产、科研中长期规划和近期目标；负责新产品、新工艺、新材料等科研课题的可行性分析论证、试制；负责对相关行业的科技、产品信息的收集和分析工作；负责公司技术标准、工艺技术文件的制定、修订，并监督执行；编制公司技术定额计划，推进和管理公司的专利技术开发。
10、金禾实业财务部
依据国家的财务会计规范，从公司生产经营的实际出发，建立健全公司内部财务管理制度，做好财务管理的基础工作，如实反映公司财务状况和经营成果，向社会和公司内部提供可靠的会计信息，依法计算和缴纳国家税收，保证股东权益不受侵犯；做好会计核算及财务收支的预算、控制、核算、分析、考核工作，依法合理筹措资金，有效利用公司各项资产，努力提高公司效益。
11、金禾实业证券部
负责金禾实业公司股东大会、董事会日常事务，协助董事会秘书做好日常公司信息披露和投资者关系工作，接待投资者来访。
12、金禾实业审计部
负责对金禾实业公司各部门的财务收支、经济效益和相关经济责任进行监督、评议及审计。