区域创新能力评价体系包括5个一级指标、20个二级指标、40个三级指标和138个四级指标。
一级指标包括知识创造、知识获取、企业创新、创新环境和创新绩效。其中，知识创造用来衡量一个地区创造新知识的能力；知识获取用来衡量一个地区利用外部知识及产学研合作的能力；企业创新用来衡量一个地区内企业应用新知识、开发新技术、利用新工艺，以及制造新产品的能力；创新环境用来衡量一个地区为技术的产生、流动和应用提供相应环境的能力；创新绩效用来衡量创新对一个地区经济社会发展效益的能力。