在进行两阶段最小二乘法时，系数可能会发生变化。如果不存在内生性问题，那么两阶段最小二乘法的结果与基础回归是相同的，系数大小不会变化。但是如果存在内生性问题，使用两阶段最小二乘法可以消除内生性问题，此时系数可能会发生变化。

在内生性问题较为严重时，基础回归可能会出现估计量偏误，导致系数偏大或偏小。在这种情况下，使用两阶段最小二乘法可以减小内生性问题的影响，从而得到更加准确的系数估计。因此，系数变大或变小都是可能的，具体取决于内生性问题的严重程度和数据样本的特征等因素。