感觉上，系统动力学模型更多地体现系统各部分之间的相互关系，为控制提供一定的分析依据而以。
仅是个人意见，参与一下。谢谢

系统动力学模型：系统动力学是以反馈控制理论为基础，以计算机仿真技术为手段，通常用以研究复杂的社会经济系统的定量方法。
它把世界上一切系统的运动假想成流体的运动，并使用因果关系图和系统流图来表示系统的结构。
有很多软件能做，ithink，vensim等，基于dynamo语言

经济控制论模型：经济控制论模型是应用经济控制论和现代控制理论对宏观经济系统进行辨识和估计而建立的模型，以便通过计算机仿真运行来实现宏观经济系统的最优控制或次优控制。经济控制论模型是从宏观经济系统总体出发，利用经济控制论以及输入、输出、反馈、协调、优化等基本概念建立的宏观经济系统的数学模型。它为宏观经济系统的最优控制提供了新的思想和工具。
谈不上区别吧？