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2023-11-02
我用gam广义可加模型
library(mgcv)
fit <- gam(y~S(x, k=5)+age+sex, data=dat, family = binomial())
y是二分类结局变量,0:表示结局未发生(即未得病),1:表示结局发生(即得病),x是数值型连续自变量
plot(fit)请问纵坐标S()代表什么意思?
现在想用相对危险度RR或logRR表示疾病发生风险,观察RR与x之间的关系,横坐标为x,请问这个纵坐标RR或LogRR,是如何得出的?
有大牛知晓希望告知,感激不尽!
Rplot.jpeg Rplot01.jpeg
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2023-11-8 11:22:20
在使用mgcv库的广义加性模型(GAM)中,S()函数表示模型中的平滑项。它允许对预测变量(x)和响应变量(y)之间的非线性关系进行建模。当绘制拟合的GAM模型(图(拟合))时,垂直坐标表示在考虑模型中的其他变量(年龄、性别)后预测变量(x)的估计平滑函数。它显示了响应变量(y)如何随着预测变量(x)的变化而变化,同时考虑了其他变量和平滑项的影响。
为了使用相对风险(RR)或对数相对风险(logRR)来表示疾病发生的风险,可以基于拟合的GAM模型来计算这些度量。以下是如何推导RR或logRR:
1.计算预测概率:使用拟合的GAM模型(拟合)获得预测变量(x)的不同值的疾病发生的预测概率,同时保持其他变量(年龄、性别)不变。可以使用predict()函数来获得这些预测的概率。
2.计算相对风险(RR):要计算相对风险,需要比较预测变量(x)不同级别的预测概率。例如计算x的两个特定值(如x1和x2)的疾病发生的相对风险,即RR=P(y=1|x=x1)/P(y=1| x=x2)。这个比率表示当x从x2增加到x1时,疾病风险如何变化。
3.计算日志相对风险(logRR):或者使用日志相对风险。为了计算logRR,取步骤2中获得的相对风险的自然对数:logRR=log(P(y=1|x=x1)/P(y=1| x=x2))。这种转换可以用于解释或进一步分析。
通过在横轴上绘制RR或logRR与预测变量(x)之间的关系,可以使用拟合GAM模型得出的估计相对风险或log相对风险值,可视化疾病发生风险如何随着x的变化而变化。
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2023-11-14 17:02:28
yahoone 发表于 2023-11-8 11:22
在使用mgcv库的广义加性模型(GAM)中,S()函数表示模型中的平滑项。它允许对预测变量(x)和响应变量( ...
感谢,讲的很透彻
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2023-11-25 10:42:23
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