从你的描述来看，你已经仔细检查了数据格式，并确保每个农户在两个选择集中各做出了一次选择。但是，mixlogit命令仍然报错"At least one group has more than one chosen alternative"，这通常意味着有至少一个群体（在这里可能是某个或某些农户）被标识为选择了超过一次的选项。
虽然你确认了数据格式没有问题，但可能的问题点有几个：
1. **数据导入错误**：确保在导入数据时，所有的选择结果都被正确解读。例如，“choose”变量应该是一个二元变量，指示该方案是否被选择（通常0表示未选，1表示已选）。
2. **标识符的使用**：`group(group)`和`id(ID)`选项用于定义不同的观察单元。“group”通常用来界定不同“组”的边界，而“id”则用来区分个体。确保这两个变量正确无误地标识了你的数据集结构。
3. **数据预处理问题**：在进行mixlogit回归前，检查是否有任何农户被错误地标记为选择了多个方案（尤其在同一选择集中），这可能是因为数据录入错误或数据分析过程中的一些疏漏。
4. **命令语法**：确保你使用的`mixlogit`命令格式正确。例如，“choose”变量的位置是否恰当？属性的定义和随机效应的指定是否准确？
5. **软件版本或包的问题**：虽然不太常见，但有时候特定Stata版本或其他统计软件可能存在的bug会影响结果。
为了更深入地排查问题，你可以尝试以下步骤：
- 重新检查“choose”变量中是否存在超过1的值。
- 确认`group(group)`和`id(ID)`正确无误，并且在数据集中没有重复或缺失项。
- 尝试使用一个子集的数据运行命令看是否可以得到结果，这可以帮助判断问题是不是由特定个体引起。
- 检查是否有农户在同一个选择集中选择了多个选项。虽然你已经确认了这一点，但再次检查总是好的。
如果以上步骤都不能解决问题，可能需要进一步的技术支持或详细的错误日志来确定具体原因。考虑联系Stata官方论坛、相关学术论坛或者直接向mixlogit的作者寻求帮助，提供更具体的错误信息和数据示例（如适用），通常能获得更专业的建议。
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