例题：
A公司与B公司为同一集团内的子公司，两公司达成合并协议，约定A公司以增发的权益性证券作为对B公司的投资。2007年4月1日，A公司增发普通股股票60万股，每股面值1元，以银行存款支付，占B公司股份总额的60%，同日B公司所有者权益总额为120万元。
A公司会计处理如下：
借：长期股权投资                72（120*60%）
贷： 股本                             60
        资本公积——股本溢价 12  
问一下，A公司发行了60万普通股给B公司，那B公司岂不是持有了A公司的股份，那到底是谁合并谁啊？