R调用Fortran程序

南开2011博

8321

收藏 2011-12-18

用Fortran写好的程序，怎么用R调用？有哪位高人指点一下，非常感谢

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epoh

2011-12-18 21:31:14

Calling Fortran from R
类似Calling C from R
可以由底下网站下载 bar.f
http://users.stat.umn.edu/~charlie/rc/
in Windows command line (MS-DOS prompt)
R CMD SHLIB bar.f
就会得到 bar.o , bar.dll
########in RGui[R Console]
dyn.load("bar.dll")
.Fortran("bar", n=as.integer(5), x=as.double(rnorm(5)))
$n
[1] 5

$x
[1] 0.10698738 0.17456107 0.02935878 0.50642238 0.04781733

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南开2011博

2011-12-19 09:46:02

epoh 发表于 2011-12-18 21:31
Calling Fortran from R
类似Calling C from R
可以由底下网站下载 bar.f

您提到 in Windows command line (MS-DOS prompt) R CMD SHLIB bar.f

能否详细说一说在哪里运行就可以得到.o 和.dll 文件？我安装了Fortran，Plato里运行结果：
Compiling and linking file: bar.f
*** No main, WinMain or LibMain function
*** Compilation abandoned
Compilation failed.
该怎么办呢？

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epoh

2011-12-19 10:10:07

南开2011博发表于 2011-12-19 09:46
您提到 in Windows command line (MS-DOS prompt) R CMD SHLIB bar.f

能否详细说一说在哪里运行就可以 ...

建议你安装Rtools
http://www.murdoch-sutherland.com/Rtools/index.html
安装完毕就会有gfortran.exe
C:\Rtools\MinGW\bin\gfortran
设置好路径,就可以执行了

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南开2011博

2011-12-19 10:26:36

epoh 发表于 2011-12-18 21:31
Calling Fortran from R
类似Calling C from R
可以由底下网站下载 bar.f

您好，我在windows 命令行输入CMD SHILB bar.f ，提示：R不是内部或者外部命令，也不是可运行程序。怎么办？为不是得不到.obj .dll 文件啊？

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南开2011博

2011-12-19 10:41:35

Compiling and linking file: bar.f
$ subroutine bar(n, x)
[SLINK/Win32 v1.44 Copyright (c) Silverfrost Ltd. 1995-2010]
*** Don't understand: subroutine
*** Compilation abandoned
Compilation failed.
在plato里运行还是说报错！

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epoh

2011-12-19 10:47:08

南开2011博发表于 2011-12-19 10:41
Compiling and linking file: bar.f
$ subroutine bar(n, x)
[SLINK/Win32 v1.44 Copyright (c) Si ...

那是因为你没设好R的路径
不能急,一定要先设好路径
否则是读不到文件的
请参考
http://cran.r-project.org/doc/ma ... #The-Windows-toolse

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epoh

2011-12-19 13:38:14

epoh 发表于 2011-12-19 10:47
那是因为你没设好R的路径
不能急,一定要先设好路径
否则是读不到文件的

假设上面的例子还不够清楚
底下这个例子也很浅显明白

http://en.wikiversity.org/wiki/H ... cting_Fortran_and_R

multiply.dll

multiply.rar
大小:(5.52 KB)

马上下载

本附件包括：

multiply.dll

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南开2011博

2011-12-19 14:56:11

您好，谢谢!我继续弄

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南开2011博

2011-12-19 15:06:44

您好，我现在用plato 编译出来了，可是得到的是.obj .lib文件，没有您说的.dll ？然后我把r的工作目录改到，存放这些文件的地方执行，他说.lib 不是有效的win32有效程序
.lib 文件和dll 不一样吗？怎么得到dll 用plato

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南开2011博

2011-12-19 15:08:04

epoh 发表于 2011-12-19 13:38
假设上面的例子还不够清楚
底下这个例子也很浅显明白

我的r 的工作目录改了，还是不能。我觉得主要原因是没有dll 文件您觉得呢？

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epoh

2011-12-19 15:52:18

南开2011博发表于 2011-12-19 15:08
我的r 的工作目录改了，还是不能。我觉得主要原因是没有dll 文件您觉得呢？

先声明一下
用plato得到.dll ,R读不到
同理我用Compaq Visual Fortran,得到.dll ,R也读不到
R只读的到用gfortran(F95 compiler) 产生的.dll
换句话说你还是要装Rtools(我知道你不愿意)

这里所说路径是参照Rtools,
Appendix D The Windows toolset

PATH=c:\Rtools\bin;c:\Rtools\MinGW\bin;c:\MiKTeX\miktex\bin;
C:\Program Files\R\R-2.....\bin\i386;
如此系统才找的到R

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南开2011博

2011-12-19 17:25:00

.dll 生成了但是在R里执行
> dyn.load("bar.dll")
警告信息：
In inDL(x, as.logical(local), as.logical(now), ...) :
DLL试图把FPU控制词从8001f改成1

是什么原因啊？谢谢回答

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epoh

2011-12-19 18:23:27

南开2011博发表于 2011-12-19 17:25
.dll 生成了但是在R里执行
> dyn.load("bar.dll")
警告信息：

哈哈!你应该不是用gfortran吧

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南开2011博

2011-12-19 19:10:55

epoh 发表于 2011-12-19 18:23
哈哈!你应该不是用gfortran吧

呵呵，gfortran下了三小时只下到一半，现在还在下载。我用的是plato 。现在的问题是有.obj .dll 在r里边还是不能运行了？

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南开2011博

2011-12-19 19:13:44

epoh 发表于 2011-12-19 15:52
先声明一下
用plato得到.dll ,R读不到
同理我用Compaq Visual Fortran,得到.dll ,R也读不到

非常感谢，那我先下载gfortran

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epoh

2011-12-19 19:35:04

南开2011博发表于 2011-12-19 19:13
非常感谢，那我先下载gfortran

个人觉得你应该安装 Rtools
安装后就有gcc,gfortran,..可用
而且方便你以后call C
或者build R package

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南开2011博

2011-12-19 21:53:22

epoh 发表于 2011-12-19 19:35
个人觉得你应该安装 Rtools
安装后就有gcc,gfortran,..可用
而且方便你以后call C

终于安装上了。但运行 gfortran 闪一下就关掉了怎么回事？

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epoh

2011-12-19 22:02:49

南开2011博发表于 2011-12-19 21:53
终于安装上了。但运行 gfortran 闪一下就关掉了怎么回事？

不会吧
D:\>R CMD SHLIB bar.f
cygwin warning:
  MS-DOS style path detected: C:/PROGRA~1/R/R-213~1.0/etc/i386/Makeconf
  Preferred POSIX equivalent is: /cygdrive/c/PROGRA~1/R/R-213~1.0/etc/i386/Makec
onf
  CYGWIN environment variable option "nodosfilewarning" turns off this warning.
  Consult the user's guide for more details about POSIX paths:
http://cygwin.com/cygwin-ug-net/using.html#using-pathnames
gfortran    -O3  -c bar.f -o bar.o
gcc -shared -s -static-libgcc -o bar.dll tmp.def bar.o -lgfortran -LC:/PROGRA~1/
R/R-213~1.0/bin/i386 -lR

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南开2011博

2011-12-19 22:59:26

epoh 发表于 2011-12-19 22:02
不会吧
D:\>R CMD SHLIB bar.f
cygwin warning:

gfortran 放在C:\Rtools\gcc-4.5.4\bin ，双击gfortran 出现命令提示符黑屏闪一下就关掉了？？？

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epoh

2011-12-20 09:03:30

南开2011博发表于 2011-12-19 22:59
gfortran 放在C:\Rtools\gcc-4.5.4\bin ，双击gfortran 出现命令提示符黑屏闪一下就关掉了？？？

DOS指令当然要在MS-DOS prompt command
or Windows command line下进行
Windows Vista and 7 users
1.Click Start.
2.Type cmd and press enter.

如果你不想用R指令
R CMD SHLIB bar.f

那就用
D:\>gfortran --shared -o bar.dll bar.f

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2011-12-20 09:47:16

epoh 发表于 2011-12-20 09:03
DOS指令当然要在MS-DOS prompt command
or Windows command line下进行
Windows Vista and 7 ...

在DOS 命令下的结果，这怎么办？

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epoh

2011-12-20 10:28:08

南开2011博发表于 2011-12-20 09:47
在DOS 命令下的结果，这怎么办？

你的命令下错了
把bar.f放在D碟
DOS下把working directory转向 D:\>
然后键入gfortran --shared -o bar.dll bar.f
D:\>gfortran --shared -o bar.dll bar.f

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南开2011博

2011-12-20 10:52:19

psb7.jpg
大小:(81.77 KB)
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黑莓故事.docx
大小:(883.74 KB)
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epoh 发表于 2011-12-20 10:28
你的命令下错了
把bar.f放在D碟
DOS下把working directory转向 D:\>

不懂您是什么意思，我下载的gfortran 在C:\Rtools\gcc-4.5.4\bin 呀，怎么到D盘上运行了？
按照您的意思，我的执行结果 $N2PV{$X`R0@3EQ)EQ$T_6~D.jpg$

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epoh

2011-12-20 11:16:59

南开2011博发表于 2011-12-20 10:52
不懂您是什么意思，我下载的gfortran 在C:\Rtools\gcc-4.5.4\bin 呀，怎么到D盘上运行了？
按照您的意思 ...

麻烦你先做件事:
c:\>path #press enter
确认一下路径是否设置好
有没底下这段,
难道你安装Rtools时没安装include path
PATH=c:\Rtools\bin;c:\Rtools\MinGW\bin;

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epoh

2011-12-20 11:32:28

南开2011博发表于 2011-12-20 10:52
不懂您是什么意思，我下载的gfortran 在C:\Rtools\gcc-4.5.4\bin 呀，怎么到D盘上运行了？
按照您的意思 ...

要不然你用一个不是正确的方法
把bar.f放在C:\Rtools\gcc-4.5.4\bin
然后
C:\Rtools\gcc-4.5.4\bin:\> gfortran --shared -o bar.dll bar.f

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