请教epoh老师：在nlme程序中，如何做出含有随机作用的拟合曲线

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收藏 2012-05-03

这是混合模型的程序fm.nlme<-nlme(zht~a*(1-exp(-b*age))^c,data=rd,fixed=list(a+b+c ~ 1), random = list(zl=pdDiag(a+b~1)),start=c(a=25,b=0.1,c=1.5))
想做关于每个zl下的含有随机作用的拟合曲线，我用这个程序做plot( augPred(fm.nlme, level =0:1),layout=c(5,1))
出现错误错误于augPred.lme(fm.nlme, level = 0:1) :
augPred.lme without "primary" can only be used with fits of groupedData objects
不知道该怎么画这个图，求您帮帮忙，谢谢您了。

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epoh

2012-5-3 20:00:19

你是要这种图吗?
fm2 <- nlme(weight ~ SSlogis(Time, Asym, xmid, scal), data=Soybean,
fixed=Asym + xmid + scal ~ 1, random=pdDiag(Asym + xmid ~ 1),start=c(18, 52, 7.5))
plot(augPred(fm2, length.out = 2, level = c(0,1)))

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nefucds

2012-5-4 16:27:43

plot(augPred(fm.nlme, length.out = 2, level = c(0,1)))
对就是想做这种图但是我用这个命令怎么出现这个错误
错误于augPred.lme(fm.nlme, length.out = 2, level = c(0, 1)) :
augPred.lme without "primary" can only be used with fits of groupedData objects
是不是数据处理需要定义分组数据啊

非常感谢您

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nefucds

2012-5-4 16:37:52

zl age zdbh
81*34 4 0.373409
81*34 5 1.003182
81*34 6 2.414848
81*34 7 4.113561
81*34 8 5.529545
81*34 9 6.815379
81*34 10 7.685606
81*34 11 8.488485
81*34 12 9.104167
81*34 13 9.70053
81*34 14 10.197121
81*34 15 10.677121
81*34 16 11.207576
81*34 17 11.510227
81*34 18 12.015833
81*34 19 12.454394
81*34 20 12.847652
81*34 21 13.318409
81*34 22 13.705682
81*34 23 14.109242
81*34 24 14.556515
81*34 25 14.994621
81*34 26 15.387803
81*34 27 15.72947
81*34 28 16.142197
81*34 29 16.551212
81*34 30 16.967045
81*34 31 17.324697
81*34 32 17.721061
81*长白 4 1.066591
81*长白 5 2.652727
81*长白 6 4.600682
81*长白 7 5.554167
81*长白 8 6.149924
81*长白 9 7.527348
81*长白 10 8.344848
81*长白 11 9.080455
81*长白 12 9.776515
81*长白 13 10.296136
81*长白 14 10.637879
81*长白 15 11.069697
81*长白 16 11.517424
81*长白 17 11.794394
81*长白 18 12.244621
81*长白 19 12.739848
81*长白 20 13.15
81*长白 21 13.57803
81*长白 22 13.961591
81*长白 23 14.334545
81*长白 24 14.773258
81*长白 25 15.292348
81*长白 26 15.566818
81*长白 27 15.82803
81*长白 28 16.18197
81*长白 29 16.542273
81*长白 30 16.839545
81*长白 31 17.16553
81*长白 32 17.459167
81*长白 10 6.908182
81*长白 11 7.743409
81*长白 12 8.427727
81*长白 13 9.053333
81*长白 14 9.548712
81*长白 15 10.05197
81*长白 16 10.631818
81*长白 17 11.011439
81*长白 18 11.541364
81*长白 19 12.319848
81*长白 20 12.894015
81*长白 21 13.564015
81*长白 22 14.151364
81*长白 23 14.711894
81*长白 24 15.182424
81*长白 25 15.697727
81*长白 26 16.150606
81*长白 27 16.697348
81*长白 28 17.199621
81*长白 29 17.663636
81*长白 30 18.043636
81*长白 31 18.437424
81*长白 32 18.90197
81*华北 4 0.264394
81*华北 5 0.770682
81*华北 6 2.226136
81*华北 7 4.216439
81*华北 8 5.457045
81*华北 9 6.427879
81*华北 10 7.665076
81*华北 11 8.433788
81*华北 12 9.015152
81*华北 13 9.478485
81*华北 14 9.932348
81*华北 15 10.322879
81*华北 16 10.867348
81*华北 17 11.301742
81*华北 18 11.830833
81*华北 19 12.330909
81*华北 20 12.723182
81*华北 21 13.068182
81*华北 22 13.460909
81*华北 23 13.819015
81*华北 24 14.322121
81*华北 25 14.83197
81*华北 26 15.192197
81*华北 27 15.543485
81*华北 28 15.937576
81*华北 29 16.246061
81*华北 30 16.603561
81*华北 31 16.942121
81*华北 32 17.338485
81*华北 4 0.601894
81*华北 5 2.011288
81*华北 6 3.747576
81*华北 7 4.597727
81*华北 8 5.035076
81*华北 9 6.592045
81*华北 10 7.593485
81*华北 11 8.313864
81*华北 12 8.835682
81*华北 13 9.292879
81*华北 14 9.85553
81*华北 15 10.267273
81*华北 16 10.892879
81*华北 17 11.261212
81*华北 18 11.8425
81*华北 19 12.331439
81*华北 20 12.82
81*华北 21 13.348409
81*华北 22 13.863258
81*华北 23 14.288485
81*华北 24 14.765758
81*华北 25 15.229621
81*华北 26 15.571061
81*华北 27 15.822197
81*华北 28 16.106364
81*华北 29 16.37053
81*华北 30 16.653636
81*华北 31 16.944015
81*华北 32 17.27947
老师，这是部分数据我就是想做含有随机作用和不含有随机作用的曲线，就是您上面的那个图，是不是和我的数据有关系，zl变量我设为含有随机作用，为什么会出现上述的那个错误

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epoh

2012-5-4 21:04:26

nefucds 发表于 2012-5-4 16:37
zl       age       zdbh
81*34       4       0.373409
81*34       5       1.003182

不清楚你的数据结构
看错误信息,诚如你说的.
if (!inherits(data, "groupedData")) {
         stop(paste(sys.call()[[1]],
                     "without \"primary\" can only be used with fits of groupedData objects"))
      }

class(Soybean)
#[1] "nfnGroupedData"
你可试试
class(rd)

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epoh

2012-5-5 11:08:24

nefucds 发表于 2012-5-4 16:37
zl       age       zdbh
81*34       4       0.373409
81*34       5       1.003182

library(datasets)
library(nlme)
data ( Loblolly)
#########data=Loblolly
fm1 <- nlme(height ~ SSasymp(age, Asym, R0, lrc),
         data = Loblolly,
         fixed = Asym + R0 + lrc ~ 1,
         random = Asym ~ 1,
         start = c(Asym = 103, R0 = -8.5, lrc = -3.3))
class( Loblolly)
#[1] "nfnGroupedData" "nfGroupedData"  "groupedData" "data.frame"
plot(augPred(fm1, length.out = 2, level = c(0,1)))

##########data=l2

l2 <- data.frame( height=Loblolly$height, age=Loblolly$age,Seed=Loblolly$Seed)

fm2 <- nlme(height ~ Asym+(R0-Asym)*exp(-exp(lrc)*age)
         ,data = l2
         ,fixed = Asym + R0 + lrc ~ 1
         ,random = Asym ~ 1 | Seed
         ,start = c(Asym = 103, R0 = -8.5, lrc = -3.3))
class(l2)
#[1] "data.frame"

plot(augPred(fm2, length.out = 2, level = c(0,1)))

Error in augPred.lme(fm2, length.out = 2, level = c(0, 1)) :
  augPred.lme without "primary" can only be used with fits of groupedData objects

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