1940年，蔡元培溘然长逝。  第二任院长人选的事宜很快被提上议事日程。
  这时的中央研究院还没有后来的院士制度，只有一个评议会作为全国最高学术评审机构，除学术功能外，它还握有推举院长候补人的权力。
  评议会以院长为议长，设秘书一人，负责日常事务。评议会的评议员，则由各所所长与学术界知名学者组成。
  按既定章程，中央研究院院长产生实行“提名制”，即由评议员投票选出三位候选人，呈报国民ZF后由最高决策者从中圈定一人，继任院长。
  1940年3月，众评议员从全国各地抵达重庆。
  在即将进入正式选举程序前，评议会秘书长翁文灏接到一封蒋介石侍从室二处主任陈布雷给他的信函，内称蒋委员长“盼以顾孟余为中研院院长”。
  翁文灏、朱家骅、王世杰与各个所长一知会，当时他们的反应是“颇表愤慨”。傅斯年在震怒中几乎当场发作，只因感到此乃“介公下的条子”，而顾孟余又是前辈学人，才按下怒火。
  史语所所长傅斯年是什么脾气？时任《中央日报》主笔的程沧波曾回忆说：“我与孟真（傅斯年字）接触频繁，在中央研究院成立时，当时南京成贤街的中央研究院总办事处，蔡先生常常住在里面，我常去盘桓……孟真也常去吃饭，当时孟真见着人，总是昂起了头，有时仰天嘘几口气，就是在蔡先生旁也依然如此。”
  国民党北伐成功后不久，傅斯年几人在蔡元培家中吃饭，乘着酒兴，傅斯年当着蔡元培的面狂呼：“（待）我们国家整好了，不特要灭了日本小鬼，就是西洋鬼子，也要把他赶出苏伊士运河以西，自北冰洋至南冰洋，除印度、波斯、土耳其以外，都要‘郡县之’……”
  据李敖说，后来在台湾，蒋介石迎接李宗仁，在松山机场会客室里，满座除了蒋介石，其他人都站着，只有傅斯年叼着烟斗，坐在沙发上跷着二郎腿，跟蒋介石指手画脚地讲话。
  傅斯年如此，其他学者也个个不是省油的灯。
  身为评议员的学界重量级大腕陈寅恪公开放言：“本人不远千里来重庆，只为了投胡适先生一票。”
  1940年3月23日，中央研究院评议会正式进行第二任院长提名选举。结果是：翁文灏、朱家骅均得24票，胡适得20票，李四光6票，王世杰与任鸿隽各4票。
  蒋介石举荐的顾孟余仅得一票。
  按照选举条例，评议会将得票最多的翁、朱、胡三人名单呈报国民ZF审批。
  不知是何心情的蒋介石，最后圈定了朱家骅。