TandemMod 迁移学习模型研究数据集 GEO/NCBI/ENA 数据库编号汇总

TandemMod 迁移学习模型研究专用数据集，适配《Transfer learning enables identification of multiple types of RNA modifications using nanopore direct RNA sequencing》研究，涵盖 RNA 修饰识别、纳米孔直接 RNA 测序相关研究所需多类公开数据集，精准整理各数据集对应数据库编号、获取途径及适用研究场景，为相关经管、生物信息学研究提供高效的数据检索与使用参考。

一、数据集覆盖范围

本数据集聚焦 TandemMod 迁移学习模型在 RNA 修饰识别领域的研究应用，整合DRS 测序数据、水稻 m6A-seq 数据、人类细胞系测序数据、表观转录组数据集等多类研究数据，覆盖人类 HEK293T、K562 等细胞系，以及水稻物种的相关测序研究，同时包含体外表观转录组（IVET）、体外转录（IVT）、ONT 直接 RNA 测序等多种实验技术生成的数据集，全面适配 RNA 修饰识别相关的迁移学习模型研究。

二、各数据集对应编号及获取途径

本研究相关数据集均来自GEO（基因表达综合数据库）、NCBI（美国国家生物技术信息中心）、ENA（欧洲核苷酸档案馆） 三大权威公开数据库，各数据集具体编号及获取途径如下：

已发表 DRS 数据集（NCBI）：Novoa 实验室工作 ——GSE124309、PRJNA563591；Intawat Nookaew 工作 ——SRP166020（本数据集暂未提供）

人类细胞系 DRS 数据（ENA）：新加坡纳米孔表达项目 ——PRJEB44348（本数据集暂未提供）

水稻 m6A-seq 数据（GEO）：GSE135549

人类 HEK293T 细胞系数据（GEO）：m6ACE-Seq——GSE124509；miCLIP——GSE63753

人类 K562 细胞系 MeRIP-seq 数据（GEO）：GSE205709

多类型水稻 / 体外研究数据集（GEO）：4 个 IVET、2 个 IVT、2 个 ONT 直接 RNA 测序水稻数据集 ——GSE227087

三、数据集可用途径

直接适配 TandemMod 迁移学习模型的训练、验证与优化，助力 RNA 修饰识别的算法研究；

为纳米孔直接 RNA 测序技术在 RNA 修饰研究中的应用提供数据支撑；

可用于人类细胞系、水稻物种的 RNA 修饰相关表观遗传学研究；

为迁移学习在生物信息学、RNA 组学领域的跨物种、跨技术应用研究提供数据参考。