问题，pheatmap和heatmap.2结果不一样 - 经管之家

› 论坛 › 数据科学与人工智能 › 数据分析与数据科学 › R语言论坛

问题，pheatmap和heatmap.2结果不一样

13341

4

收藏 2012-10-09

对同一组数据聚类时发现，pheatmap和heatmap.2结果不一样，差别很大？是什么原因呢？
pheatmap(data, cluster_cols=FALSE,clustering_distance_row="correlation",clustering_method = "complete",color=colorRampPalette(c("green","black","red"))(100), revC=FALSE, scale="row", margins=c(5,10),fontsize_row=8,cellheight=10,cellwidth=30)

heatmap.2(data, col=redgreen(100),scale="row",margin=c(5,20),key=TRUE,density.info="none",trace="none",cexRow=0.7)

二维码

扫码加我拉你入群

请注明：姓名-公司-职位

以便审核进群资格，未注明则拒绝

全部回复

2012-10-13 19:41:09

顶起来，pheatmap和heatmap.2的区别是什么呢？

二维码

扫码加我拉你入群

请注明：姓名-公司-职位

以便审核进群资格，未注明则拒绝

2012-11-26 11:24:49

是r的热图吗

二维码

扫码加我拉你入群

请注明：姓名-公司-职位

以便审核进群资格，未注明则拒绝

2012-12-6 15:22:58

都是用了scale=“row”这个参数了~~但是不加他其实聚类是一样的，但具体为什么，还不知道啊

二维码

扫码加我拉你入群

请注明：姓名-公司-职位

以便审核进群资格，未注明则拒绝

2014-12-12 14:05:25

使用Heatmap.2时，从你使用的参数来看，

没有预先对源数据进行ward方法的聚类处理，

导致在画图时和用Pheatmap画图时所用的过程数据是不一样的。

而Pheatmap在使用时参数里可以指定使用ward聚类方法，所以把源数据进行了预处理。

虽然都是从csv中提取的数据，但是：
Heatmap.2没对数据进行ward聚类处理，
Pheatmap对数据进行了ward聚类处理。
所以结果不一样。

二维码

扫码加我拉你入群

请注明：姓名-公司-职位

以便审核进群资格，未注明则拒绝

相关推荐

栏目导航

热门文章

推荐文章

扫码加好友，拉您进群

各岗位、行业、专业交流群