我试了下是可以的。你的完整代码呢？

687  data temp1(keep=use_name);
688  set sashelp.vtable;
689  rename memname=use_name;
690  run;

NOTE: 从数据集 SASHELP.VTABLE. 读取了 109 个观测
NOTE: 数据集 WORK.TEMP1 有 109 个观测和 1 个变量。
NOTE: “DATA 语句”所用时间（总处理时间）:
      实际时间          0.06 秒
      CPU 时间          0.07 秒


691
692  data M3(keep=use_name);
693  set temp1;
694  if _N_<=50;
695  run;

NOTE: 从数据集 WORK.TEMP1. 读取了 109 个观测
NOTE: 数据集 WORK.M3 有 50 个观测和 1 个变量。
NOTE: “DATA 语句”所用时间（总处理时间）:
      实际时间          0.00 秒
      CPU 时间          0.00 秒


696
697  proc sql;
698  delete from M3
699  where use_name in (select use_name from temp1);
NOTE: 有 50 行从 WORK.M3 中删除。

700  quit;
NOTE: “PROCEDURE SQL”所用时间（总处理时间）:
      实际时间          0.00 秒
      CPU 时间          0.01 秒

我程序并没有报错，M3中有919320条记录，temp1中有485075条记录，用上述程序跑一遍后，日志中显示有删除，实际上M3中还是原表，后来没办法，就改用下面的程序做的：
data temp1;
set temp1;
n=1;
run;
proc sort data=temp1;by use_name;run;
proc sort data=m3;by use_name;run;
data temp2;   
   merge m3  temp1;
   by use_name;
  if n=1 then delete;
drop n;
run;